收到公告的业主们开始了自救行动。去年10月21日，约60位业主共同委托律师向广州市政府申请行政复议，以拆迁依据不足等为由，请求停止对小谷围艺术村三个小区的拆迁行为，并撤销上述《拆迁公告》。
但行政复议以失败告终。今年3月16日，申请行政复议的部分业主收到广州市政府的行政复议决定书，维持了广州市土地开发中心的拆迁决定。
在广州本地律师无人可以代理此案的情况下，46名业主聘请了北京晟智律师事务所的高智晟。高律师告诉记者，广州大学城至今无法拿出国土资源部及国务院批准建设大学城的批准手续。建设广州大学城的合法性因此受到强烈质疑，因而拆迁艺术村也是没有法律依据的。
高律师先后向广东省政府、国土资源部和监察部递交三份紧急请求函，先是要求广东省政府履行宪法以及保护公民合法权益的法定职责，没有回复;继而请求国土资源部和监察部对广东省政府违法开发土地、强拆公民房屋的问题进行查处。文书递交以后，这三个部门表现出的共同反应是：不接材料;经过斗争接下材料，但不出示任何收到材料的证明;材料收到后不予任何回复。最后，当他们的违法行为被起诉到法院时，法院概不受理。高律师两次向广州市中级法院递交诉状，中级法院坚决不接材料，广东省高级法院照样不接收。
去年11月，30余位业主代表到北京上访，向国家建设部、国土资源部、国务院等部门递交了有关信访材料。过去半年里，《人民日报市场报》、《民主与法治时报》、《中国经济时报》、《中国经营报》、《工人日报》先后刊登记者采访，报道广州大学城项目的违规行为，但拆迁仍在进行。
“70年的使用权，用了7年就要拆迁。如果真是用来建机场、水库，那我自然会搬走，但现在却为了所谓的大学城，把我们的房子拆了。”在艺术村A区的一栋老别墅里，香港籍画家刘海藏气愤地说。
在艺术村，记者看到许多别墅的大门上都挂着牌子，印有国徽和宪法条款“公民的合法的私有财产不受侵犯”。新修订的《宪法》第十三条规定，国家为了公共利益需要，可以依照法律规定对公民的私有财产实行征收或者征用并给予补偿;第十条第三款还规定，国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿。
业主们提供的材料显示，他们拥有番禺市政府核发的《建设用地许可证》、《建设用地批准书》，省政府核发的《房地产权证》，全部手续合法，具有国家认定的土地使用权和房屋所有权。但是，无论是面对媒体采访，还是在行政复议决定中，广州市有关方面都认为，“艺术村用地属于城市国有土地，地方政府根据《土地管理法》第五十八条的规定，为了公共利益有权收回国有土地使用权。”
业主们在行政复议中陈述，建设广州大学城只是“局部利益”需要，九年义务教育才是真正的公共利益，而现今的大学教育已经趋向产业化，创造一定的经济效益。而且，在小谷围大学城接受教育的学生只占广东省大学生的很小比例，它所代表的不是公共利益。
补偿价格是另一个充满争议的问题。“所有过程不是公开、公平、公正的。”一位业主对记者说。艺术村除了画家和外来建房者，还有新造镇(小谷围岛原属于番禺市新造镇管辖)镇政府的一些干部。每户获得的补偿价格并不透明，业主们说，不少镇政府干部获得的补偿比他们的补偿高很多。
当地媒体在一篇题为《大学城年底首卖商业用地》的文章中说，2003年12月，广州大学城将推出三块房地产经营用地进入土地一级市场，主要是超市、影剧院、酒店、写字楼等。有人透露，这些地块的每亩底价在500万元左右。可以想见，一手征地，一手卖地，其间的差价有多大。
然而，艺术村还只是小谷围岛东南沿江的一小块地。在这个18平方公里的小岛上，因大学城被迫离开土地和房屋的还有14000多农民。
在小岛的核心地带，记者看到一片尚未铲平的小树林。大路旁的树苗上有一块手写的牌子：小谷围郭朗村。就在这片树林，不愿离开故土的村民已坚守半年。他们用编织带和竹竿搭起数间棚屋，据说岛上住在这种简易棚户的农民有500多人。
小谷围岛曾有6个自然村，分别是南亭、北亭、穗石、贝岗、郭朗和练溪。练溪村农民张国宁告诉记者，艺术村所在地以前是练溪村的农田。在他提供的三份合同中，记者发现，1994年，练溪村经济合作社三次将土地使用权转让给新造镇房地产开发公司，在此同时，番禺国土局也将这些土地由集体征为国有。这是一个典型的农地流转操作过程。三份合同显示，当时新造镇房地产公司支付的土地价格是26000元一亩。具体措辞是“甲方补回乙方土地使用补偿费，田地平均每亩为人民币26000元。”
村民们的土地大部分已被征走。但他们一直认为，广州大学城项目是违法征地，而且土地补偿安置费太低。
按照《土地管理法》，广州大学城整体开发用地非经国务院批准不可。但岛上村民指出，广州大学城在拆迁过程中从未公示过国务院批准建立大学城的批准文件，其征地审批过程采用了化整为零、移花接木的违规做法。2003年3月17日《羊城晚报》报道：“整个小谷围岛分成39个地块办理征地手续，省、市国土部门特事特办，预计可在本月20日以前完成手续。动迁部门将随后发放通告，开始全面征地拆迁。”
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