具体在哪边的法院起诉，取决于案件的实际情况。如果两个公司因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
参照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十一条 对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。
参照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十二条 下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖;原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖：
(一)对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼;
(二)对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼;
参照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条 因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
参照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条 因保险合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者保险标的物所在地人民法院管辖。
参照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十五条 因票据纠纷提起的诉讼，由票据支付地或者被告住所地人民法院管辖。
参照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十六条 因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民法院管辖。
