（一）实践中关于土地补偿费用存在的问题。企业的经营场地一般是通过租赁得来。租赁的土地分为租赁国有土地和租赁集体土地两种。企业拆迁必然会导致这种租赁关系的终止，根据《条例》规定，拆迁补偿对象是国有土地上的建筑物及附属物，对空地或净地的补偿，拆迁法规并没有做出统一的规定。对集体土地上的建筑物拆迁也没用规定。也有直接通过招拍挂或划拨的方式取得国有土地使用权的。但土地管理法中关于国有土地使用权收回方面，仅规定给予适当补偿，但没有详细的规定。全国各地方的拆迁土地补偿，往往与房屋、建筑物补偿计算在一起，不明晰、不透明的情况大量存在，使得权利人的权益无法获得相应的合理补偿。同时，这也是我们立法机关和行政机关在制订法律、法规和政策性文件的时候，应当加以保护的地方，希望有关部门能够引起重视。
（二）房屋、建筑物补偿费用确定问题。对于房屋、建筑物的补偿，应当以相关房产证明登记的建筑面积为计算标准。因为历史原因无法办理房产证明和土地证明的，可经实际丈量确定。房屋、建筑物的价值一般应由拆迁人、被拆迁人共同委托评估公司，评估公司根据相关评估技术标准，确定房屋、建筑物的实际价值。
（三）设备补充费用按照重置成新价计算设备搬迁安装费用应当按国家和当地规定的货物运输价格、设备安装价格计算。机器设备分为两类：一类是可搬迁设备;二是不可搬迁设备;可搬迁设备因拆迁而引起的损失费又可分为实物损失费和功能损失费。实物损失费包括拆卸费用、运输费用、安装费用、调试费用等。功能损失费用包括搬迁引起的机器精度下降、不合格产品的增多。对于不可搬迁设备，拆迁会导致该设备的废弃，故应结合其成新和重置价，计算设备重置成新价，对所有人进行补偿。在拆迁的实际操作中，拆迁非住宅房屋，其设备搬迁和安装费用，每个地方应当有确定的标准;无法恢复使用的设备，按照设备重置价结合成新给予补偿。
在拆迁的实际操作中，拆迁非住宅房屋，其设备搬迁和安装费用，每个地方应当有确定的标准;无法恢复使用的设备，按照设备重置价结合成新给予补偿。
