国家规定：基准地价原则上每3年更新一次，并根据市场变化适时进行调整。
审计发现，部分地方未按规定及时更新基准地价。截至2009年6月底，有5个市已超过3年未更新，其中3个市的土地市场价比其适用的基准地价超出了1倍以上。
审计指出上述问题后，有两个市已全面开展基准地价更新工作。
审计还发现，有9个省区所属市县未足额征收、计提土地开发整理相关资金28.37亿元。审计指出上述问题后，有关地方政府已按规定补征(提)土地开发整理相关资金12.95亿元。
改变资金用途20.94亿元虚报新增耕地1.35万亩
审计发现，有3个省级9个市级11个县级国土、财政部门改变土地开发整理相关资金用途20.94亿元。其中：用于城市基础设施建设9.46亿元；行政事业单位基本建设及经费支出4.01亿元；对外出借和投资1.21亿元；弥补地方财政预算缺口4148万元；征地拆迁补偿和土地储备等5.84亿元。
审计指出上述问题后，有关地方政府已按规定收回改变用途的土地开发整理相关资金2.93亿元。
审计还发现，少数地方新增耕地面积不实或多占少补耕地，具体表现，119个土地开发整理项目通过编造虚假竣工验收资料、人为改变地类和数据等手段，虚报新增耕地1.35万亩；13个土地开发整理项目在开发整理尚未达标的情况下，上报新增耕地2.93万亩；9个建设用地项目多占少补耕地4294.45亩。
审计指出上述问题后，有关地方政府已调减、补充耕地3152亩。
项目重复申报涉及资金9018.9万元未审批已占用集体土地3.9万亩
通过抽查的90个项目发现，一些地方土地开发整理项目监管不严。
具体表现，6个项目与其他土地开发整理项目和农业综合开发项目存在重复申报情况，涉及项目资金9018.9万元；10个土地开发整理项目虚报多结工程款1023.72万元；11个项目因规划设计不科学、不充分而被迫中断施工或延期施工，已完工项目也因设计不科学而无法实现预期目标；14个总计投资1.11亿元的项目存在违规招投标、转分包或未实行招投标问题。
此外，20个土地开发整理项目因主管部门监督检查不力、施工质量不高、后期管护不到位等原因，造成一些损失浪费。
审计指出上述问题后，辽宁等地对参与土地开发整理项目设计单位的资质情况进行了全面清理和检查，新疆等地对3个不合格项目拟定了重新选址方案，有关地方政府已收回虚报多结的工程款356.25万元。
审计还发现，部分地方违规批地用地。其中：7个市未经审批征收并实际占用集体土地3.9万亩；4个市用地单位“以租代征”占用集体土地1.01万亩，用于酒店、旅游等非农项目建设。
