专利无效行政诉讼中，都是以专利复审委员会为被告的案件，因此律师代理专利行政诉讼的对象仅涉及对诉讼中原告以及诉讼第三人的代理，一般不会介入到对被告的代理工作。
1.原告及律师需要注意的几个问题
原告及其代理律师参加专利无效行政诉讼，诉讼请求一定是要求法院撤销专利复审委员会作出的审查决定，起诉的理由则是专利复审委员会作出的审查决定在程序上和实体上不符合法律的规定，具体为：
专利审查指南对于无效案件的审理有严格程序规定，遵守这些程序是专利复审委员会的义务，也是实体法准确适用的保障。如果专利复审委员会在作出专利无效审查决定过程中，没有遵守程序的要求，即使作出的决定在实体上可能没有错误，其行政行为也会被撤销。例如，在专利复审委员会作出专利无效审查过程中，请求人应当到庭参加口头审理，没有说明任何理由而没有到庭的，复审委员会应当根据专利审查指南的规定，作出视为其撤回无效请求的结案通知。即使请求人提供的证据足以证明专利权人的专利不具有创造性，复审委员会也不能作出宣告该专利无效的审查决定，如果该决定作出了，根据无效审查的程序，法院也会撤销复审委员会的决定。
原告以及代理人的工作，就是要针对专利复审委员会作出审查决定过程中适用程序的缺陷，依据法律提出理由，使法院注意到该缺陷已经对于实体的结果造成了偏差，从而作出撤销无效审查决定的裁判。
原告代理人对于程序的合法性质疑和要求司法审查可以围绕以下问题进行：
第二，是否应当回避的审查员没有回避或者没有参加口审的审查员却参加了审查决定的作出;
第三，当事人出庭人员是否符合法律规定，授权是否有瑕疵，双方当事人对出庭人员有异议而没有被复审委员会接受等。
被告在行政处理案件的过程中，程序是否合法是这类行政案件审理的关键问题，也是代理人在诉讼中的代理要点之一。
实体上问题包括事实认定错误和法律适用上存在不当。虽然人民法院本身不具有直接依据法律作出撤销或维持专利权有效的权利和职责，但是法院有权对于专利复审委员会作出的审查决定作出全面的审查，包括事实和法律适用的全面审查。例如，法院有权审查证据以及证据的采信，也有权审查专利复审委员会对于证据采信后作出判断的准确性，两者不可偏废。只要原告有充分的理由说明被告在事实认定和法律适用上存在缺陷即不符合专利法以及专利审查指南的规定，就可以主张法院撤销被告作出的审查决定。
原告以及代理人的工作是针对被告在证据采信、事实分析和法律适用上的缺陷，根据法律的规定作出分析和陈述，说服法院采信自己的观点。原告代理人对于实体问题的质疑和要求司法审查则主要可以针对以下问题进行：
第一，对证据的采信是否违反法律对于证据的一般规则或特别规则的规定、对于证据的不采信是否违反法律的有关规定;
第二，适用法律是否超出了无效宣告请求人的理由范围;
其中有关证据采信，需要注意以下几点：
第一，证据的形式要件，如域外证据是否经过公证、认证，取证过程是否在公证人员的公证下进行，书证是否有原件，证人是否与各方当事人有特殊的利害关系等，只要确实存在不符合法律规定的证据形式要件的，律师就要抓住一一提出，达到否定证据实体效力的目的。
第二，如果原告是无效请求人，被告在行政程序中对于自己所提供的证据不采信是不符合法律规定的证据采信规则的，原告需要进一步论证正是由于对于证据采信或不采信的不合法才导致了被告作出错误的决定。如果人民法院在审理中认为，对于原告在行政程序中提供的证据被告确实应该采信而不采信的，被告的行政行为就有很大的可能被撤销。
无效请求人无论在诉讼中是原告或第三人，都不能再补充新的证据，因为专利复审委员会的审查决定的基础就是无效请求人在无效程序已提交的证据，补充证据超出了专利复审委员会的审查范围是不被允许的，但专利权人在诉讼中如果有能证明专利产品具有创造性的证据，例如很好的市场收益，科技进步的获奖证书等在商业上取得巨大成功的证据应积极向法庭提交，虽然一定会受到对方的质疑，但一般情况下这些证据能在心理上影响法官对发明创造性的判断，这种影响对于是否具有创造性的认定是有帮助的。
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