《管理办法》规定，国家质量监督检验检疫总局统一管理全国出入境检验检疫签证工作。国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构负责签证工作的实施。
关于出入境检验检疫签证流程以及检务、财务、施检部门在各流程中的职责与分工
《管理办法》规定，出入境检验检疫签证流程一般包括受理报检（或申报）、审单、计费、收费、拟制与审签证稿、缮制与审校证单、签发证单、归档。
《管理办法》规定，签证流程由检务部门统一管理。受理报检（或申报）、审单、计费、缮制与审校证单、签发证单、归档一般由检务部门负责和集中办理，收费由财务部门负责，拟制与审签证稿由施检部门负责。
《管理办法》将审单纳入签证流程管理，并明确了计费和收费要求，明确了空白证单、签证印章和检务档案管理，使得检验检疫签证流程更完整和具体。根据新的《管理办法》，检务部门负责审核贸易单证，财务部门负责收费审核，施检部门负责审核专业单证并拟稿与审签，这样的分工明确了流程各环节责任，提高了审单效率。 《管理办法》还明确了签证岗位和检务档案岗位职责，缮制证单与签发证单工作分离，同时规定签证印章与空白证单应分开专人保管。还明确签发两份或以上正本证书的审批由检务负责；涉及多个施检部门的证书，由主检部门拟稿及会签；这样避免了各部门互相推诿，有利于签证责任的明确，提高签证效率。
为适应业务发展和信息化管理的需要，提高通关效率，节约企业的报检成本，为无纸化报检提供可操作依据，《管理办法》规定，按规定使用计算机业务管理系统签发的电子证单及其签证信息与纸质证单在全国检验检疫系统内等效。《管理办法》对电子证单、电子随附单证和电子档案的有效性、电子审单和缴费模式、电子转单等作出了规定。
关于检验检疫证单和档案有效期，换证凭单的种类、用途和核销次数，不合格货物的签证规定等
《管理办法》规定，检验检疫证单的有效期不得超过检验检疫有效期。检验检疫有效期由施检部门根据国家有关规定，结合对货物的检验检疫监管情况确定。并列明了下列证单的有效期：“入境货物通关单”的有效期为60天；一般报检的“出境货物换证凭单”（含电子转单方式）和“出境货物通关单”的有效期为：一般货物60天；植物和植物产品21天，北方冬季可适当延长至35天；鲜活类货物14天。用于电讯卫生检疫的“交通工具卫生证书”的有效期为：用于船舶的12个月，用于飞机、列车的6个月。“船舶免予卫生控制措施证书/船舶卫生控制措施证书”的有效期为6个月。
《管理办法》将换证凭单明确为预验、一般报检两种类型，其中预验货物不能实施电子转单。增加了换证凭单可作为生产原料的检验检测报告的用途。将换证凭单的核销次数限制在栏目数以下，而电子转单一次使用，不可分批核销。
国家质量监督检验检疫总局关于印发《出入境检验检疫签证管理办法》的通知（国质检通〔2009〕38号）全文收入中国海关律师网法规库“进出口商品检验类”项下“进出口商品检验综合法规目录”。
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