1、出口货物退税企业只有在其出口货物装载的运输工具办结海关手续后，才能向其报关的海关申请办理退税专用报关单。出口货物在口岸海关直接办理出口手续的，由企业在口岸海关办理。出口货物在内地海关报关后转关至口岸海关出口的，内地海关在收到口岸海关的转关的通知单回执后，才予办理退税专用报关单。海关根据实际出口货物的数量、价格等签发出口货物专用报关单，并按规定收取签证费。海关签发退税专用报关单的时间为装载出口货物的运输工具办结海关手续之日起，至海关放行货物之日起的六个月内。
2、办理出口退税必须在出口货物实际离境后，因此，存入出口监管仓库的出口货物要待货物提取出仓库并装载运输工具离境后，海关才能签发出口货物退税专用报关单。通过转关运输方式存入出口监管仓库的货物，企业应在货物装载运输工具离境后，向处境地海关申请办理出口货物退税专用报关单。
3、提取出口保税仓库货物销售给国内企业或三资企业进行深加工产品复出口的，海关按结转加工的有关规定办理，不予签定出口货物退税专用报关单。
4、企业遗失海关签发的出口货物退税专用报关单可以补办，补办时间为自该出口货物办结海关出口监管手续之日起6个月内。补办时，企业应先到主管其出口退税的地(市)国家税务局申请，税务机关经核实出口货物确实未办理过退税后，签发《关于申请出具(补办报关单)证明的报告》。企业得到《报告》后，应到出口货物原签发海关去补办报关手续。海关凭《报告》补签出口货物退税专用报关单。
5、通过进料加工方式生产的货物办理出口退税时，企业必须持外经贸主管部门批件，先送主管其出口退税的税务部门审核签章，税务部门逐笔登记并将复印件留存备查。海关凭有主管出口退税税务部门印章的外经贸主管部门的批件，办理出口料件“登记手册”。企业因故未能执行进料加工合同，需持原“登记手册”或海关证明到主管税务部门办理注销手续。
6、出口货物遇特殊情况发生退关或退运，如海关已签发了出口货物退税专用报关单，报关人需将该报关单退交海关;如企业已交国家税务局办理了退税手续，则应向税务局申请《出口商品退运已补税证明》，在办理退关或退运报关时随报关单等一并递交海关，才予办理退关或退运。
7、国家对外商投资企业办理出口退税有特殊规定，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》和国务院有关规定，只有1994年1月1日以后办理工商登记的外商投资企业才可以办理出口退税，而且生产的出口货物中符合《出口货物退(免)税管理办法》的，才能在办结海关出口手续后，申请办理出口货物退税专用报关单
