从哲学角度讲，行政许可和现代海关管理是一对“对立统一”的矛盾关系：行政许可制约海关管理权限，促进海关管理的法治化进程;海关管理需按照行政许可进行，是海关依法行政的依据与保障。正确地驾驭矛盾可以促进事物的发展。基于当前海关管理的现状和存在的问题，要马上转变管理理念，适应海关行政许可，无疑会遇到许多挑战：
海关管理是一个存在于社会主义市场经济体制中的行政管理体系，包括海关管理主体和管理对象客体以及海关管理所处的管理环境三个构成要素。行政许可是行政机关根据公民、法人或者其他组织等行政相对人的申请，经依法审查，准予其从事某种特定活动的行为。因此，《行政许可法》在海关系统的实施是一个系统工程，要合法实施行政许可、科学进行海关管理，其首要条件是要使海关管理的构成要素具备更高的素质和要求。
(1)海关管理的主体。在整个海关管理体系中，海关是管理的主体，但管理行为的决策者和执行者都是由人来完成的，也就是说，海关管理的真正主体应是担当不同行政职务的海关关员。所以，行政许可主要是对管理执行人行为的约束和规范，只有实施管理行为的个体自身具备了相当的法律知识、业务知识和必要的管理知识，并在执法管理活动中树立起“许可执法”的意识，才能真正贯彻海关行政许可权力，才能在海关内部形成一个整体的“人民海关为人民”的执法队伍。
(2)海关管理的客体。行政许可不同于行政机关依职权主动赋予相对人权利和免除义务的行为，没有相对人的申请，行政机关不能主动予以许可，是一种依申请的行政行为。因此，管理客体素质的高低对能否正确实施行政许可起着重要作用。海关管理的客体，是海关管理的对象或承受者，是具体的进出境行为以及发生行为的人(自然人、企业法人)、行为的有形载体(运输工具、货物、物品)和行为的无形载体(知识产权)。海关对这些客体所进行的监管、征税、统计等管理职能也多是建立在管理相对人申报的基础上的。所以，管理相对人自身掌握知识的多少、能否如实申报在很大程度上也影响着海关行政许可实施的质量。
(3)海关的管理环境。是指存在于海关管理系统之外，对海关管理的实施和发展产生影响的外界客观情况和条件，主要是指社会环境。海关行政许可多是基于财政需求和国家安全等目的设置的，实施海关行政许可的过程就是优化海关管理环境的过程，它要求海关管理必须与社会主义初级阶段市场经济的管理相适应，以民主和法制为导向，综合运用多种合作方式提高信息交流，以满足社会对海关管理低耗、高效的需求。
《行政许可法》是中国社会深刻转型的必然产物，体现了“合法、高效、便民、公正”的立法精神，创新了行政许可理念，推动了整个行政管理体制的革命性变革。其也必然会给创新现代海关管理理念提出更加严格的标准。
(1)有限性管理标准。海关管理的基础和依据是现行的海关法律，但其受 “行政主导”和“防范为主”的立法思想的影响，大都过度强化海关对进出口活动的管理职能，而忽视对行政相对人权利的规定和保障。其在执法管理中的表现是：海关不能正确摆正和管理相对人的关系，往往会形成“海关处于主导地位、相对人只能按照海关的指令办事”的错误认识，随意对管理相对人发号施令、而不容许他人申辩、反驳;还有的甚至把管理相对人置于同海关相对立的地位，认为自己就代表海关、就代表法律，是管人的人，我说了算。这与《行政许可法》第十二条、十三条行政许可权设置的指导思想是相悖的。今后的海关管理要与市场经济规则相结合，把那些能减的审批项目坚决地减下来，对凡通过市场竞争机制调节、行业组织和中介机构规范的自律性管理以及海关采用事后监督等方式能够予以规范的，应逐步地交还给行业协会或报关协会等团体组织办理，把海关从日常的事务管理中脱离出来，方能更科学地依法办事，提高执法管理的综合社会效能。
(2)服务性管理标准。行政许可法规定的“便民原则”，要求政府在行政管理过程中要做好服务。就海关行政审批的实施而言，无纸化报关、网上受理、网上审批就是体现“便民原则”的现代审批方式。当前，海关管理的方式已初步形成了以H2000、执法评估、风险管理、统计监督等强大网络系统支持的现代海关管理模式，不足的是我们目前的受理方式和受理条件，还不能完全适应海关行政许可的要求。在条件成熟的条件下，需要按照“统一受理、分工作业”的原则尽快开通对外的审批专用电子邮箱，将各种通信地址和有关号码通过媒体向社会公布;同时，在操作流程、设备要求和审批人员业务素质等方面制定应对方案，逐步配套，进而把私法中的平等、合议原则引入公法的管理中来，使每个关员在思想和行动上同“行政许可”接轨，真正树立起“管理就是服务”的执法理念。
程序是许可制度中最重要的组成部分之一。程序对提高行政效率、保护公民的权利以至促进经济发展至关重要，但行政许可法不可能详细列出所有行政行为的程序，只能规定一些主要的必经程序。所以，海关作为一个国家独立的行政执法主体，必须遵照行政许可法规定的程序，设置符合本系统实际的管理程序。
(1)要明确有权设置海关行政管理程序的主体资格。目前，海关行政管理程序的设置的随意性太强，且较为混乱、繁琐，上至总署下至基层海关内部各科室都或多或少地设置了某些业务管理程序，自成一套、各不相同。如有些业务名为“三级审批”，而事实上在某些海关要经过八九个报批环节，有甚者还常出现因程序过多而引起的科室间或科室内部互相推诿、扯皮情事，严重制约海关管理效能的提高，乃致使一些企业怨声载道。对此，应按照行政许可法中“一项许可只能由一个机关审批”的设置原则，科学、合理地界定设置海关行政管理程序的主体资格条件，以统一设置来实现管理程序的一致性。
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