投标保证金作为招投标双方承诺与约定的规范模式，在政府采购活动中发挥着积极的作用，其“含金量”不可低估。在实用性效果上，投标保证金保证了政府采购合同“订金”向“定金”的过渡与一致;在法律层面上，杜绝了少数滥宇充数者的“低成本”、“无成本”投标，使政府采购真正成为智者与能者的竞争，保证了政府采购活动的严肃性与公正性;在经济性上，体现了政府采购活动符合经济活动的一般规律，保证了政府采购活动的效益与政府采购目标的实现。但在实际操作过程中，对投标保证金存在着种种认识误区。
误区一：只有在公开招标与邀请招标时，才可以收取投标保证金，询价采购与竞争性谈判不需要收取投标保证金。
收取投标保证金的目的是为了保证投标人在投标过程中严格依法执行，约束投标人行为。
造成这种认识误区是对《办法》的片面理解。当招标采购单位在询价采购与竞争性谈判方式采购时，投标人都要在集中采购机构的具体组织下，按照招标采购办法进行竞标，与公开招标与邀请招标的性质是一致的，有必要对投标人的投标行为进行约束与规范。投标保证金应作为参与政府采购市场投标人资格要求的一部分，只要供应商参加有竞争性的政府采购就必须交纳投标保证金。
误区二：投标保证金由投标人各自按照自己投标金额的1%交纳。
实践中，各地方集中采购机构对投标保证金的收取规定各有不同。少数集中采购机构规定由投标人按照自己投标金额的1%自行交纳投标保证金，其规定看似符合《办法》的规定，其实有诸多弊端。
不利监管 不利于招标采购单位与监督部门对投标人投标行为的监督与管理。各投标人交纳的投标保证金不一，投标人负担的风险、承诺的可信度、担保的额度都不同，招标工作的公正、公平、公开受到质疑。
影响效果 招标采购单位不规定统一的投标保证金数额，投标人对标书采购项目规模、技术要求、预算多少的理解会出现偏差，难以保证采购质量，影响采购效果。
不利保密 投标人自行决定交纳投标保证金的金额，不利于其投标金额的保密。
招标采购单位应当在招标文件中明确投标保证金的数额及其交纳办法。
误区三：投标保证金应严格按照不超过项目概算金额的1%收取。
应该说按照采购概算金额1%收取投标保证金是合情合理的，既能让投标人有能力承担这笔投标保证金，又可以起到保证招标顺利进行的效果。但有的招标项目采用此办法不一定行得通。
概算不确定 关于定点单位的招标投标活动，受市场影响，项目本身的概算金额既不确定，也不可预计，投标保证金没有办法按项目概算金额比例来确定。
难保约束 有的特殊项目，按照采购金额的1%收取难以起到约束投标人的作用，如一些计算机软件工程类等特殊设备的采购及安装，适当高的投标保证金起到“门槛”效用，防止“鱼目混珠”。
费时费力 有的询价采购次数过多、项目金额过小、分包过细、每次都要严格按《办法》执行费时、费力、费钱，可以尝试在同城范围内针对经常性的询价采购按季、年收取一定的投标保证金，并与中标服务费的收取结合起来，多退少补，定时结算。
招标采购单位应灵活掌握《办法》，投标保证金的收取在按照《办法》执行的大前提下，应结合实际情况而定。
误区四：投标保证金由招标人在招标文件中确定，涉嫌泄露招标标底。
当然，对法律规定熟悉的投标人通过招标采购单位确定的投标保证金的多少，可以计算出招标项目概算金额，但这绝不能成为泄露标底的理由和托辞，相反，采购项目预算的公布可以对政府采购起到良性的推动作用。
预算不等于标底 采购预算不是标底，预算是在采购单位报送采购申请时编报的，标底则是招标采购单位在制定评标办法时确定的，二者不是同一个概念，在数量上也不同;而且有预算不一定有标底，政府采购预算是采购单位定期按项编报的，招标标底由招标采购单位根据招标情况制定，没有强制要求。
利于标书响应 采购预算可以公开，也应该公开，投标人可以依据对预算的理解，更好地响应标书，招标人当然可以在更多的合格投标人范围内好中选好。而招标标底则必须严格保密。招标采购单位应该在标书中明确采购预算金额。
误区五：投标保证金应在开标规定时间前到达招标采购单位指定账户。
问题的关键在于是否应到达指定的账户。现实情况是矛盾的。首先集中采购机构的资金多列入财政或预算外管理，财政部门出于对资金管理的考虑，要求将投标保证金作为往来款项交入财政专户管理;其次政府采购招标多为现场定标，现场不中标的投标人，其投标保证金可以当场退还;再次由于不能及时退还，账户中积压过多的往来资金，给集中采购机构财务管理带来不便;最后由于财政部门在资金支付时要有相关的手续，在未中标的情况下投标保证金现场退还几乎不可能，按照《办法》规定5个工作日内退还也有一定的难度。
集中采购机构在按《办法》具体执行时，理应考虑到投标人的具体情况，为便于投标保证金的及时退还，应不要求投标保证金进入指定的账户，只要到达招标采购单位即可，中标人的投标保证金应在中标后立即转入财政专户。
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