(一)环境民事责任举证倒置只是意味着原告的部分举证责任由被告承担。在环境侵权诉讼中,受害人还是要对因环境污染而受到的损害事实予以举证,同时还要证明加害人的污染行为与损害事实之间存在因果关系。如果原告举证已达到盖然性的程度,而被告又无法对此举出反证时,则不得否认因果关系的存在。可见,原告还是要对一些基本的事实加以证明。
(二)在司法上法官对举证责任倒置的适用有自由裁量权。在环境侵权诉讼中,如果原告的举证和被告的反证都达到了盖然性的程度,这样势必会动摇法官的自由心证,从而拖延诉讼,使原告的救济遥遥无期。在诉讼中,当案件的事实处于一种真伪不明的状态时,法官可以根据当事人双方基于案件事实性质与取证能力之上的举证能力,本着实现法律公正的宗旨,赋予在司法中对举证责任倒置的自由裁量权。
(三)法官应当将环境民事责任举证倒置的情况事先告知当事人。在环境侵权民事诉讼中,尽管法律规定了加害人的举证责任,但在实际的司法操作过程中还有很多具体的问题。在举证责任倒置后,被告不一定明确知道所要证明的待证事实。如果法官不事先予以说明,这无异于剥夺该方当事人证明的机会,造成了证据突袭,有悖程序的公正。
(四)在司法判决书中应详细的说明举证责任倒置的理由。这样一方面可以使因举证责任倒置而败诉的一方当事人信服,减少上诉和申请再审,另一方面在败诉一方不服倒置提出上诉时,可以使上级法院易于审查举证责任倒置的运用是否正确。