首先，根据《国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》(国发〔1998〕44号)规定，基本医疗保险制度是保障职工基本医疗需求的制度，参保职工患病或非因工负伤后，从基本医疗保险基金中享受的待遇只能是按规定报销医疗费用，包括药品费用、诊疗项目费用、医疗服务设施费用，但不能申请病假工资及治疗期间其他生活方面的补助。这与目前的工伤保险基金、生育保险基金为参保人在工伤治疗和生育期间提供生活补贴的规定是不同的。关于职工患病或非因工负伤医疗期内的生活补助问题，1951年政务院颁布的《劳动保险条例》和1953年劳动部发布的《劳动保险条例实施细则修正草案》规定，职工疾病或非因工负伤停止工作连续医疗期间在6个月以内的，企业应该向其支付病假工资；医疗期限超过6个月时，病假工资停发，改由企业按月付给疾病或非因工负伤救济费。病假工资的支付标准是：本企业工龄不满2年者，为本工人工资60%；已满2年不满4年者，为本人工资70%；已满4年不满6年者，为本人工资80%。劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》(劳部发〔1995〕309号)进一步规定，病假工资或疾病救济费按有关规定支付，但不能低于最低工资标准的80%。根据以上规定，李某的医疗费用由医疗保险基金按规定支付，但其病假工资应由A公司按有关规定支付。
第二，根据劳动部发布的《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》(劳部发〔1994〕479号)，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病不得解除劳动合同的时限；企业职工实际工作年限在10年以下，且本单位工作年限在5年以下的，医疗期为3个月。A公司认为李某住院治疗已经超过了医疗期，仍然不能从事工作，因此决定与其立即解除劳动关系。然而，A公司忽略了《劳动法》第26条的规定：劳动者患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前30日以书面形式通知劳动者本人。也就是说，A公司在程序上违法，它可以以书面形式通知李某将于30日后解除劳动关系，但不能立即解除劳动关系。
第三，根据劳动部颁布的《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》(劳部发〔1994〕481号)，企业与医疗期满不能从事工作的劳动者解除劳动关系，应按劳动者在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。A公司只给李某发放经济补偿金的做法，也违反了以上规定。
引用法条
[2]《中华人民共和国劳动保险条例实施细则修正草案》
[5]《国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》
[6]《劳动部关于贯彻执行《中华人民共和国劳动法》若干问题的意见》
