工伤保险费根据以支定收、收支平衡的原则确定费率。费率过高，则加重用人单位的负担，费率过低，则降低工伤保险待遇的支付标准。如何科学合理地确定费率是工伤保险成功实施的难点和关键。为了具体实施《条例》关于保险费率的规定，劳动和社会保障部会同财政部、卫生部、国家安全生产监督管理局于2003年10月29日发布了《关于工伤保险费率问题的通知》（以下称《通知》）。在《通知》中，根据不同行业的工伤风险程度，将行业划分为三个大类别：风险较小行业、中等风险行业和风险较大行业。三个大类别行业分别执行0.5%、1.0%、2.0%的行业基准费率。三个大类别内部又根据工伤风险程度的高低分为九十六个小类别。用人单位的初次缴费费率，按行业基准费率确定。以后，对属于中等风险行业和风险较大行业的用人单位的缴费费率，由统筹地区社会保险经办机构根据用人单位工伤保险费使用、工伤发生率、职业病危害程度等因素，进行上下浮动。
上述规定看似科学合理，但是除了繁琐之外，实质并不合理。首先，《通知》根据不同行业的工伤风险程度，将行业划分为三个大类别：风险较小行业、中等风险行业和风险较大行业。而后根据这种分类，对缴费单位对号入座。姑且不论这种对行业划分的标准是否客观和科学，但就这种对号入座而言，其实质是忽视了千差万别的缴费单位之间的个体差异。例如，上海的宝钢和落后地区的钢铁企业虽然生产的自动化程度、管理的先进与落后程度都不相同，但是按照《条例》都应依照较高的费率缴纳工伤保险费，这对前者显然不公平。其次，《条例》和《通知》规定统筹地区经办机构根据用人单位工伤保险费使用、工伤发生率等情况，在所属行业相应的费率档次内确定用人单位缴费费率。这里就有一个如何保证统筹地区经办机构在确定用人单位第一次缴费费率时做到公平合理的问题。事实上，由于缺少制度约束，一些人为的故意或过失错误，在统筹地区经办机构在确定用人单位第一次缴费费率时难免会出现。
《办法》在费率的缴纳上则体现了公平与合理。《办法》规定所有的用人单位第一次参加工伤保险时，处在同一起跑线，即都被认为具有较高的自动化程度、较好的安全管理。用人单位缴纳工伤保险费先统一实行0.5%的基础费率。而后，再按照各个参保单位的工伤保险费使用、工伤事故发生率等情况作相应的调整。这样，工伤保险费率的高低，在某种意义上完全由用人单位自己决定。本是高风险行业的单位，通过改进设备、增加生产的自动化程度和提高安全管理等措施，可以享受较低的，甚至最低的费率；反之，本是低风险行业的单位，由于设备老化、生产落后和疏于安全管理，却要承受较高的，甚至最高的费率。于是工伤保险费缴纳的多少这只无形的手开始发挥积极的调控作用，促使单位提高劳动安全保护、加强安全管理。
