市场经济既是自由经济，也是法治经济，判断非法经营罪应当注意如下问题：
(1)非法经营的非法性必须是违反了国家法律、行政法规等规范性文件。非法经营罪违反的国家规定是指国家关于专营、专卖物品或者其他法律法规限制买卖物品的规定，国家关于进出口许可、进出口原产地证明以及其他法律法规关于经营许可、批准的规定，所以不是指违反一般的关于经营的法规。无照经营或者超越经营范围本身并不是非法经营，只有当无照经营或者超越经营范围的行为是需要行政许可才能经营时，才属于刑法意义上的非法经营行为。
(2)其他非法经营行为必须严格依照法律明文规定认定。根据刑法“法无明文规定不为罪，不处罚”的基本原则，其他非法经营行为的认定应当严格按照法律明文规定进行，依法追究刑事责任。并且对于法律、行政法规或者司法解释关于其他非法经营行为的规定，应当受到“禁止适用事后法”原则的限制，否则，非法经营罪的范围将会被随意扩大。
(3)2013年5月2日《最高人民法院、最高人民检察院关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》 明文规定的两种犯罪形式。
①以提供给他人生产、销售食品为目的，违反国家规定，生产、销售国家禁止用于食品生产、销售的非食品原料，情节严重的，依照刑法二百二十五条的规定以非法经营罪定罪处罚。违反国家规定，生产、销售国家禁止生产、销售、使用的农药、兽药，饲料、饲料添加剂，或者饲料原料、饲料添加剂原料，情节严重的，依照前款的规定定罪处罚。
实施前两款行为，同时又构成生产、销售伪劣产品罪，生产、销售伪劣农药、兽药罪等其他犯罪的，依照处罚较重的规定定罪处罚。
②违反国家规定，私设生猪屠宰厂(场)，从事生猪屠宰、销售等经营活动，情节严重的，依照刑法第225条的规定以非法经营罪定罪处罚。
