对创收性的分所（公司），总所核定其当年上交利润总额，并按一定规则核 定薪酬总额指标。并对其进行以实际上交利润总额为主的综合考核，来决定兑现其实际薪酬总额。对超额完成上交利润及综合考核良好的，超额部分利润，总所与部分分成，分成比例，向分所（公司）倾斜；对未完成下达利润指标或综合考核不合格的，按久额大小，扣减不同比例的薪酬总额；出现亏损时，只发一定数量的基本薪酬。
对创收性部门，暂不实行全成本核算，实行定创收指标、定任务指标、定员、定薪酬总额的分配方法，在考核的基础上兑现（或扣或奖）薪酬。对研究开发中心，则推生技术经济责任制，实行岗位职能薪酬加成果奖励与成果产业化利润（或技术转让费）提成的分配方法。在研究开发阶段，按月发入岗位职能薪酬，在成果鉴定后再给予一次性奖励，这种奖励不同于正常优秀科技成果奖，数目较大。产业化（技术转让）提成奖，系在成果产业化后（技术转让后）从获得第1年起，连续5年，从利润中提取一定比例利润给成果完成人。
对非创收部门，实行与全所效益挂钩的岗位薪酬制。首先按任务需要定岗，再以满负荷运行定员，然后每季度对各部门任务完成情况及其管理（服务）质量进行考核，根据考核系数并按全所创收性分所（公司）的人均薪酬额的一定比例兑现（扣、罚）薪酬。
部门内部职工薪酬发放原则：各部位根据总所下达的薪酬总额，自行制定职工分配方案，报总所备案后执行。在薪酬分配中既要考虑岗位责任，更要充分考虑职工个人的工作绩效，拉开差距，保证骨干的收入，绝不能搞平均主义、吃大锅饭。部门内部分配应留有余地，以丰补歉，不至大起大落，一个财政年度结束根据综合考核结果进行总结算，多扣少补。职工薪酬每月分两次发放，两次的发放比例由各部门自定。
所级领导的考核由职代会主席团成员评议，并听取监察处意见后提出的建议。副所长由所长参照建议予以考核审定。中层干部的考核系数由所长参照建议予以考核审定。中层干部的考核系数由所领导负责确定。创收性和半创收性部门的中层干部薪酬系数1的部分回排泄部门按本部门人均数提取。系数1以外的部分由总所发放。
按国家工改制度套改的职务等级工资，作为档案工资，只用于职工退休后计发退休费和调出所外工资转移。
薪酬制度与往常的分配办法最大的判别是：取消了“工资”和“奖金”的界线，具体到个人，已不存在“工资”这一保底线。以往无论效益如何，在每月的发薪日，按国家文件定的工资数额会一分钱不少的得到领取，而今天，分所效益要达不到指标，发薪日领取的薪酬就会低于往日，如果分所利润出现亏损，发薪日领取到的数额可能会比其本的档案“工资”少，甚至可能就是生活费的数额（这种情况所内未出现过）。薪酬不再分为“工资”和“奖金”两部分，而是把两部分捆在一起，并按各人每时期的实绩考核结果予以兑现薪酬，进行动态操作。
1、分所领导普遍增强了当家的观念，一改过去工资由总所统一支付，计入分所成本，有利润就拿奖金，无利润不拿奖金，不愁没饭吃的思想。效益好的时候，也不会分光吃光。留有余地，以丰补歉。
2、分配政策向骨干倾斜，大部分骨干对自己的收入表示满意，表明薪酬制度在拉开差距和稳定骨干队伍方面是有成效的。
3、基层群众对分配的心理承受能力较以前有加强，改变了过去凭职务、职称、工龄取报酬的旧观念，大家已逐渐接受按工作贡献分配薪酬的新观念。
4、增强了职工的责任感。现在人们的思想不再是图清闲，而是怕没活干。在市场竞争激烈的当今，你不去找任务，不去积极开发新产品，不去积极开拓市场，你就会被社会淘汰。有部分同志要求所内调动，理由是原部门工作量不饱满。
我们认为这种薪酬制度还有它不够完善的地方，例如：每两个月结算一次效益，下达薪酬总额指标。因为不是每个部门都搞生产，有的部门承接的大工程合同，时间跨度两三年，两个月结算效益较麻烦，且不那么准确，部门在分配中，具体操作繁琐，工作量大，运作成本高。如何解决这些问题，使薪酬制度发挥更大的作用，充分调动职工的积极性，我们还要进一步研究完善有关制度的措施方法，并且在探索新的分配办法——“年薪制”。
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