规章制度的制定程序关键是要保证制定出来的规章制度内容具有民主性和科学性。规章制度的大多数内容与职工的权利密切相关，让广大职工参与规章制度的制定，可以有效地杜绝用人单位独断专行，防止用人单位利用规章制度侵犯劳动者的合法权益。
1.关于规章制度制定程序的引起的争议。职工参与企业民主管理，是企业管理制度的一个重要内容。这不仅仅是我国社会主义企业管理的特色，而是世界范围内企业管理的一个趋势。职工如何参与企业管理，在哪些事项上，以什么形式和途径参与，我国的相关法律都作了规定。劳动法第八条规定：“劳动者依照法律规定，通过职工大会、职工代表大会或者其他形式，参与民主管理或者就保护劳动者合法权益与用人单位进行平等协商。”工会法第三十八条：“企业、事业单位研究经营管理和发展的重大问题应当听取工会的意见;召开讨论有关工资、福利、劳动安全卫生、社会保险等涉及职工切身利益的会议，必须有工会代表参加。”公司法第十八条第三款规定：“公司研究决定改制以及经营方面的重大问题、制定重要的规章制度时，应当听取公司工会的意见，并通过职工代表大会或者其他形式听取职工的意见和建议。”在立法过程中，草案曾经规定：“规章制度涉及劳动者切身利益的，应当经工会、职工大会或者职工代表大会讨论通过，或者通过平等协商作出规定。”这样规定曾经引起较大的分歧。一种意见认为制定规章制度和决定重大事项是企业的经营管理自主权，是用人单位的“单决权”。用人单位在制定规章制度和决定重大事项时只要听取工会和职工的意见就可以了，规定经工会、职工大会或者职工代表大会讨论通过，如果意见不统一，势必造成规章制度或者重大事项久拖不决，用人单位的管理将无所事从。这样规定，限制了用人单位的经营自主权，实践中无法操作。另一种意见认为，用人单位制度规章制度应当有劳动者参与，从国外的情况看，涉及职工切身利益的事项，很多都是是用人单位和职工双方共同决定的内容，属于“共决权”。我国的《全民所有制工业企业职工代表大会条例》规定，属于职工代表大会职权范围内的企业规章制度，应当经职工代表大会审议通过。最后，综合考虑各方面意见，本法规定：“用人单位在制定、修改或者决定直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”本法规定是针对所有企业的规章制度的制定程序，强调通过平等协商确定，并不影响国有企业继续按照《全民所有制工业企业职工代表大会条例》的有关规定执行。
2.平等协商的内容：直接涉及劳动者切身利益的劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等规章制度或者重大事项。规章制度如工作时间、休息休假、劳动安全卫生、劳动纪律以及劳动定额管理等规章制度，重大事项如劳动报酬、保险福利、职工培训等。
3.具体制定程序：根据本条的规定，制定规章制度或者决定重大事项，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。所以，这个程序分为两个步骤：第一步是经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见;第二步是与工会或者职工代表平等协商确定。一般来说，企业建立了工会的，与企业工会协商确定;没有建立工会的，与职工代表协商确定。这种程序，可以说是“先民主，后集中”。
