（一）中国证监会按照证券集中统一监管体制的要求，履行牵头抓总职能，指导、协调、督促、检查派出机构、全国股转系统的监管工作。主要包括：建立健全非上市公众公司监管制度体系，统筹监管制度与自律规则之间的衔接，评估监管制度实施效果并适时修订完善；规范派出机构监管执法的程序、标准和要求；指导全国股转系统根据挂牌公司特点制定差异化的信息披露标准；依据《全国中小企业股份转让系统有限责任公司管理暂行办法》（以下简称《暂行办法》），对全国股转系统履行挂牌公司自律监管情况进行监督检查；完善挂牌公司并购重组中股票交易核查、立案即暂停的工作机制，防控内幕交易；组织协调挂牌公司重大监管行动、重大风险处置等工作；实现非上市公众公司行政许可的程序与内容全公开；统筹确定非上市公众公司、中介机构的培训政策和要求。
（二）派出机构的监管职责主要为：对辖区挂牌公司进行日常非现场监管，依托中央监管信息系统、全国股转系统信息系统、诚信数据库、工商部门企业信息公示系统等平台，掌握辖区挂牌公司的基本情况和监管信息；对辖区挂牌公司不作例行现场检查，以问题和风险为导向，根据发现的涉嫌违法违规线索，启动现场检查；检查中发现挂牌公司存在重大风险或涉嫌欺诈、虚假披露、内幕交易、操纵市场等违法违规行为的，采取监管措施或立案调查，实施行政处罚；检查中发现主办券商等中介机构涉嫌违法违规行为的，进行延伸检查，采取监管措施；检查中发现涉及自律监管范畴的问题，转全国股转系统处理；处理对辖区挂牌公司的投诉举报，属于违法违规线索的，启动行政执法程序。
（三）全国股转系统按照法律法规及《国务院决定》、《暂行办法》履行对挂牌公司的自律监管职责，主要包括：制定完善自律监管业务规则；审查挂牌公司申请事项；监督挂牌公司及其他信息披露义务人完整、准确、及时地披露信息；执行挂牌公司申请文件申报即披露、即担责的制度，发现申报不实的，采取自律监管措施或提请中国证监会查处；监督挂牌公司股票转让及相关活动；加强对“两网公司”（原STAQ、NET系统挂牌公司）和退市公司的自律监管；制定挂牌公司治理规则，建立完善挂牌公司监管档案，完善市场主体诚信管理机制；处理与挂牌公司相关的属于自律监管范畴的媒体质疑、投诉举报；建立健全调处争议纠纷及投资者补偿、赔偿制度；牵头组织实施对挂牌公司、中介机构的培训工作。规范挂牌公司和中介机构的行为，发现违反法律法规及业务规则的，采取自律监管措施；依法应当由中国证监会查处的，及时移交。
