人民银行从2011年5月起对合格的第三方支付机构颁发了支付业务营业许可证，有效规范了第三方支付市场的发展。但目前在法律定位上，我国将第三方支付机构定义为非金融机构，导致了其许多业务环节脱离了金融监管部门的监管，给客户资金安全和金融稳定都带来了诸多隐患：
一是巨额沉淀资金风险。根据目前的交易规则，客户在网上购物所缴纳的备付金是先存在第三方支付平台，直到客户收到货物后才转付到卖方账户。这样，巨额的客户备付金至少在第三方支付平台停留3~7天，形成大量的资金沉淀。随客户数量的急剧增加，沉淀资金的规模非常巨大。由于支付与结算之间存在时滞，参与者若在资金滞留期内故意或因不可抗力因素而无法完成最终的结算，则将引发信用风险。在极端情况下，小范围的信用风险可能引发支付系统大范围的流动性风险，进而引发整个支付系统的系统性风险。
二是信用卡套现。第三方支付平台出现后，使得信用卡套现行为更加容易，为信用卡套现提供了非法的便利渠道，使得相应的监管更为困难。
三是洗钱与非法交易。第三方支付大都通过网络系统进行交易，支付公司和客户并非面对面的交易，在某种程度上有可能存在虚假交易的情况。同时，第三方支付平台没有权限监督网上交易者的款项用途，这就给非法资金流动提供了可能。而且，第三方支付平台并不属于银行系统，无法跟踪和监测资金的流向。这给金融监管部门带来资金流向监管的难度，也给犯罪分子的洗钱行为带来可乘之机。目前而言，日益增长的交易范围和交易额为金融监管带来一定的困难，犯罪分子可利用虚拟交易或转移定价等方式实施资金转移以合法化其非法资金。
四是虚拟货币发行。与第三方支付平台密切相关的一个概念是“虚拟货币”或“电子货币”。现实生活中，虚拟货币对实体货币也造成了一定冲击。因为虚拟货币的发行与基础货币的组成部分“流通中的通货”存在一定的替代关系。因此第三方支付平台在一定程度上具有扩张基础货币的功能。因此，随第三方支付平台的蓬勃发展，势必对货币政策和金融稳定造成更大的影响。
综上所述，依托中央银行支付系统，加强对第三方支付平台的有效监管已是势在必行。人民银行支付系统可以从管理、业务和技术三个方面开展创新，实现对第三方支付平台的有效监管。
第一，业务职能的创新——第三方支付平台日常业务的监管者。可以取消第三方支付平台的中间账户，化解沉淀资金和虚拟货币风险隐患。根据目前的支付系统能力，完全可以通过取消第三方支付平台所设立的中间账户，通过支付系统的第三方授权、第三方授权确认付款等功能组合实现为买卖双方所提供的信用担保，付款客户的资金根本无需滞留在第三方支付平台，则从根本上解决了第三方支付平台中的沉淀资金问题。此外，第三方支付平台交易还可以接入央行反洗钱系统，监控非法交易的不法行为，将可能存在洗钱、套现、欺诈等不法行为报告相关部门，通过支付系统及时监控并制止违法、违规现象，有效实施对第三方支付平台的日常监管问题。
第二，管理职能的创新——第三方支付平台的利益主体协调者。一是关系协调职能。支付系统作为监管者，可以通过加强第三方支付企业和银联等参与者间的合作协调，支付系统需要为参与者间的协作提供便利条件，并合理解决其之间的冲突；利用清算支付平台，提供参与者间集中交流的平台，从而增强互相之间的了解，增加合作机会。二是利益协调职能。第三方支付平台在手续费的分配存在诸多矛盾，主要表现在商业银行与第三方支付机构之间针对利润比例的分成存在争议。线上支付定价机制的不完善直接影响商业银行与第三方支付机构的合作，对支付清算市场效率的提高带来掣肘。因此，作为管理方的支付系统应考虑行业链条各方的实际成本，立足于有利于第三方支付平台长远发展的角度，制定合理的定价方案。三是运营协调职能。支付系统作为整个第三方支付平台发展的中心，可以参考美国和欧洲的方式，在系统规范发展的基础上，利用各种手段吸引更多参与主体进入平台服务，以满足客户个性化的需要。总体的思路是，为促进和繁荣第三方支付平台的发展，支付系统需要在完善技术平台的前提下，给予参与者较宽松的运营氛围。
第三，技术模式的创新——第三方支付平台的技术创新推动者。作为监管者、协调者和技术支撑者，支付系统本身具有先进的技术系统，能通过将第三方支付平台直接嵌入，为其提供统一的和必要的技术支撑，成为技术创新的推动者。支付系统作为行业最重要的载体，必须通过计算机技术的革新，保证网络安全、系统安全、交易安全、隐私安全，从而提高整个系统的管理和防控水平。
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