通知指出，当前，个别地区土地出让收支管理存在的问题主要包括：有的地区土地出让收支未全额纳入地方基金预算管理;有的地区已收缴的土地出让收入在非税收入汇缴专户滞留时间过长，未按规定及时缴入地方国库;有的地区存在拖欠土地出让收入问题，未能做到应收尽收;有的地区越权减免缓缴或变相减免土地出让收入，造成土地出让收入流失;还有的地区未按规定编制土地出让收支预算等。
对此，通知要求，不折不扣地将土地出让收支全额纳入地方基金预算管理。省级财政、国土资源管理、人民银行分支机构、监察、审计部门要对本地区各市县土地出让收支全额纳入地方基金预算管理情况进行认真排查，对于未按规定将土地出让收支全额纳入地方基金预算管理的市县，要督促其限期整改并落实到位，确保土地出让收支全额纳入地方基金预算管理政策在本地区得到贯彻执行。
通知明确，保障土地出让收入及时足额缴入地方国库，是落实土地出让收支纳入地方基金预算管理的基础。除国务院有明确规定以外，任何地区和部门均不得减免缓缴或者变相减免土地出让收入。市县财政、国土资源管理部门、人民银行分支机构要各负其责，加强土地出让收入征管，确保土地出让收入及时足额缴入地方国库。
具体而言，一要严格土地出让收入征收管理;二要确保土地出让收入及时入库;三要规范土地出让收入分期缴纳行为;四要严格执行土地出让(租赁)合同、划拨决定书;五要完善土地出让收入信息共享制度。
通知同时要求，各地应完善预算编制，严格按照规定合理安排各项土地出让支出。根据政府性基金预算编制工作的要求，自2010年起，各级财政部门要向同级人大报告政府性基金收支情况。
通知明确，市县财政部门、国土资源管理部门在编制土地出让收支预算时，要统筹考虑经济社会发展和资金保障能力等因素，合理确定年度用地规模和土地供应规模，并按规定程序纳入新增建设用地计划和年度建设用地供应计划。编制土地出让收入预算应当与年度建设用地供应计划相衔接，实施新增建设用地计划应当与土地出让支出预算相衔接。
市县财政、国土资源管理部门在编制土地出让支出预算时，要确保足额支付征地和拆迁补偿支出、补助被征地农民社会保障支出，重点向新农村建设倾斜，逐步提高用于农业土地开发和农村基础设施建设的比重;要严格按照规定将土地出让净收益的10%用于补充城市廉租住房保障资金，根据城市廉租住房保障工作进展情况及时核拨所需资金;要加强土地出让收支预算执行管理，对于未列入土地出让支出预算的各类项目，包括土地征收项目，一律不得通过土地出让收入安排支出。
