为支持证券行业的创新发展，2012年证监会已经实际下调了各证券公司缴纳保护基金比例，降幅为50%或30%。《补充规定》在总结近年来保护基金收缴经验的基础上，进一步完善了保护基金收缴机制，这也是证监会首次对外公布证券公司缴纳保护基金比例标准，有利于进一步提高保护基金筹集工作的规范化和透明度，也为保护基金筹集工作进一步提供制度保障。
《补充规定》明确，保护基金规模在200亿元以上时，4大类10个级别的证券公司将分别按照营业收入的0.5%、0.75%、1%、1.5%、1.75%、2%、2.5%、2.75%、3%、3.5%的比例缴纳保护基金。
为了在规定中体现鼓励优质证券公司的政策导向，《补充规定》特别明确，对于连续三年(含缴纳当年)评级为A类且缴纳当年评定为AA级和A级的证券公司，将分别按照其营业收入的0.5%和0.75%的比例缴纳保护基金。
同时，《补充规定》针对亏损证券公司提出了保护性缴纳政策。根据规定，保护基金规模在200亿元以上，且上一年度证券公司亏损面在10%-30%(含)之间时，A、B、C、D类证券公司，分别按照其营业收入的0.5%、0.75%、1%、1.25%的比例缴纳保护基金，当亏损面超过30%时，所有证券公司按照0.5%的最低比例缴纳保护基金。也就是说，当宏观经济、市场运行趋势等外部环境风险导致证券行业发生一定程度亏损时，进一步降低证券公司缴纳保护基金比例有助于减轻证券公司经营成本压力，扶持证券公司摆脱困境。
此外，《补充规定》进一步优化了各级别证券公司缴费比例之间的差额，将A、B、C、D四大类证券公司之间缴费比例差额设为0.5%，将同类中各级别证券公司之间缴费比例差额设为0.25%，合理体现了各大类证券公司之间缴费比例差额与同类各级别证券公司之间的差异化，使缴费比例设置更加科学、合理。而此前各级别证券公司缴费比例之间保持等差额。
相关测算数据显示，采用《补充规定》中的缴纳政策与此前规定的缴纳政策相比，有较大幅度下降。
