拖欠农民工工资是拖欠工程款连带的直接影响社会稳定的大问题，而且农民工工资问题还往往因为工程转包或不规范分包使问题更加复杂。司法解释第29条对农民工工资问题作出特别的保护性规定：“违法分包合同和转包合同被确认无效，实际施工人与发包人已全面实际履行合同并形成事实上的权利义务关系，实际施工人向发包人主张权利的，人民法院应当支持。实际施工人以分包人、转包人和发包人为共同被告起诉的，请求承担连带责任的，应予支持。”。针对实践中与农民工工资直接相关的劳务合同，司法解释第7条还规定：“当事人主张总承包人、分包人与具有劳务作业法定资质的劳务作业承包人签订的劳务作业分包合同性质为转包合同；请求确认无效的，不予支持。”
措施二：黑白合同以中标备案合同的计价标准为结算依据
目前司法实践中一个突出的矛盾是承发包双方当事人就一个工程在中标前后签订两份或两份以上合同，而数份合同的计价方式各不相同，在施工过程中往往实际履行的是未经中标备案的黑合同，对此类情况不少办案法官无所适从，判案思路也各不相同。司法解释第23条对此作出统一规定：“当事人就同一建设工程再行订立与中标合同的实质性内容不一致的其他合同，应以中标并经备案的合同作为结算工程款依据。”
措施三：拖欠工程款应计利息，起算时间按不同情况计取。
在审理拖欠工程款案件中的另一个具体问题，是被拖欠的工程款应如何计算利息。由于承包人的履约管理存在的缺陷，在司法实践中往往难以确定拖欠工程款从何时开始，利息计算的起始时间成为审判中的一个难题。司法解释第21条对此作出明确规定：“合同对拖欠工程款利息没有约定，发包人应当按照中国人民银行发布同期同类贷款利率向承包人支付拖欠工程款利息。利息自约定付款次日起算。没有约定付款时间或者按照约定难以确定付款时间的，利息合同约定的工程款结算之日起算。难以确定工程款结算时间的，以工程交付次日起算。”
措施四：拖欠工程款可顺延工期但承包人必须发书面催告。
催讨工程款案件还普遍存在一个复杂问题：承包人因拖欠工程款提起诉讼，发包人往往以工期逾期为由提出反诉，动辄提出数百、数仟万的反诉请求，而承包人以发包人逾期付款工期可以顺延为由进行反诉抗辩，司法实践中却往往得不到法官的支持，原因是法官的自由裁量权缺乏统一的操作规矩。《民法典》规定承包人可顺延工期的法条共有三条。《民法典》第278条规定：“隐蔽工程在隐蔽以前，承包人应当通知发包人检查。发包人没有及时检查的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《民法典》第283条规定：“发包人未按照约定的时间和要求提供原材料、设备、场地、资金、技术资料的，承包人可以顺延工程日期，并有权要求赔偿停工、窝工等损失。”《民法典》第284条规定：“因发包人的原因致使工程中途停建、缓建的，发包人应当采取措施弥补或者减少损失，赔偿承包人因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。”问题是这三条规定对顺延工期使用的词语都是“可以”。就法律意义而言，“可以”是一个任意性的模态词，对法律规定的事由，法官可以顺延工期，也可以不顺延工期。司法解释第17条对此作统一规定：“发包人违反民法典第二百七十八条、二百八十三条和二百八十四条规定，承包人应当及时书面催告发包人在合理期限内履行义务。发包人在合理期限内未履行义务，承包人有权要求发包人赔偿因此造成的停工、窝工等损失，并相应顺延期。”承包人及时发出书面催告即办理顺延工期签证。将成为企业合同履约管理的重要内容。
施工中承包人垫资带资施工已在实践中很普遍，有的已经全额垫资。问题是，司法审判中法官对此有的判垫资无效，也有判有效；有的判垫资款有利息，有的判没有利息，垫资的效力问题成为当前司法实践一个热点的争议问题。司法解释第6条对此作出结论：“合同对垫资和支付垫资款利息有约定，承包人主张发包人按照约定支付垫资款本息的，应予支持。合同对垫资利息没有约定，承包人主张发包人支付利息的，不予支持。合同没有约定垫资，发包人未支付的款项按照工程款处理。”
措施六：发包人逾期不答复承包人提交的结算报告将视为已经确认。
拖欠工程款越演越烈的一个重要原因，是不少发包人故意拖延工程结算，有的一拖数年，迟迟不确认承包人提交的工程结算价款。司法解释第22条对此开出的良方是：“建设工程施工合同约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算条件，承包人士张按照竣工结算文件作为结算依据的，应予支持。”这贴良方仅适用承发包合同对工程价款结算的期限有明确约定的情况。
措施七：造价结算协议与审计报告发生矛盾以前者为准。
在司法实践中有关造价确认还存在一个疑难复杂的具体问题，承包人经过反复努力，以自行协商或市场审价方式已经确定工程结算，但事后发包人又以工程造价应通过审计为由，通过审计部门提出一个审计报告，审计报告与已确认的结算发生差异，如是，案件审理又陷新的困境。司法解释第25条对此作出明确的规定；“合同对工程结算有约定的，一方当事人主张按照审计机关作出的审计决定调整工程款的，人民法院不予支持”。
