应当按照合同约定结算工程价款，这是工程结算的首要标准。包括：合同约定是按照固定价格结算的，应当尊重合同约定，不能据实结算，也不能采用其他的计价方法和计价标准结算。合同约定的结算方式是成本加酬金方式或者可调价结算的，应当按照合同约定的计价方法和计价标准结算。施工中当事人就工程量或者工程价款变更达成的洽商记录，像签证、会谈纪要、工作联系单等意思表示明确的，应当认定其性质为合同变更的情形，不违反法律强制性规定的，应当认定洽商记录有效。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。“可以参照”是一个倡导性条款，即一般按照当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款，按照这一标准结算工程价款，相对而言，符合当事人签约时的客观实际情况，符合随行就市的商业交易惯例，一般讲也有利于平衡双方当事人利益；但并不是对所有的案件而言都是公平的，个别案件在适用这一标准结算时，可能出现不公平的情况，在这种情况下就可以参照定额标准或者清单计价规范等标准结算工程价款。
总之，因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化时，无法按照原合同约定结算工程价款，原合同丧失了应当适用的基础，失去了结算工程价款的标准；这种情况下，人民法院首先应当鼓励当事人自行协商达成协议，重新确立结算标准；协商不成的，参照当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款；不宜参照的，根据案件具体情况，确定其他结算标准。
一般情况下，应当按照合同约定结算工程价款，工程经竣工验收合格后，双方就应当结算。结算中，一般先由承包人提交竣工结算报告，由发包人审核。而有的发包人收到承包人提交的工程结算文件后迟迟不予答复或者根本不予答复，以达到拖欠或者不支付工程价款的目的。这种行为严重侵害了承包人的合法权益。
为了制止这种不法行为，建设部发布的《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第16条规定，发包人应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被认可。合同对答复期限没有明确约定的，可认为约定期限均为28天。这条规定对制止发包人无正当理由拖欠工程款的不法行为，保护承包人的合法权益发挥了很大作用。为了更好地约束双方当事人，使建设部的这条规定更具有可操作性，《解释》第20条明确规定，当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持，体现了充分尊重合同当事人约定的原则。
实务中的主要问题是对不确定的合同造价的过程控制，针对建设工程的“三边”状况以及合同造价失控的现状，为便于对决算程序过程控制，便于合同的履行为实际操作，对策之一是在设定承发包合同时增加工程造价过程控制的内容，按工程形象进度分阶段进行预决算并确定相应的操作程序，使承发包合同签约时不能确定的工程造价，在合同履行过程中按约定的程序得到确定，从而避免可能出现的工程造价纠纷。
