我国招标投标法没有专门的章节规定政府采购合同或称招标采购合同制度，也无具体的条款规定招标合同制度，更没有规定招标采购合同适用我国合同法的规定。我们从这部法律的行为模式和法律后果来看，招标合同签订后，双方均须严格遵循招标文件、投标文件、中标通知书等合同文件所规定的行为规范，不允许任何一方尤其是中标供应商转让、解除、终止、变更合同。显然，这与政府采购法发生了冲突，因为政府采购合同适用合同法。合同法是允许双方当事人在履行过程中经过协商一致，双方可以解除、转让、终止合同内容。从相关的法律条款来看，《招标投标法》第五章法律责任这一章节里，更多时候是将招标采购合同视为行政合同，因为这部法律对合同双方当事人设置了许多的强制性行为规范，倘若违反了就须承担相应的法律后果，尤其是供应商在合同履行过程中违约、变更、解除、转让等行为均须承担行政责任，这些强制性内容不属于对民事合同中的权利限制和特别规定。
我们具体来看招标投标法所规定的：中标人将中标项目转让给他人的，将中标项目肢解后分别转让给他人的，违反本法规定将中标项目的部分主体、关键性工作分包给他人的，或者分包人再次分包的，转让、分包无效，处转让、分包项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；可以责令停业整顿；情节严重的，由工商行政管理机关吊销营业执照。中标人不履行与招标人订立的合同的，履约保证金不予退还，给招标人造成的损失超过履约保证金数额的，还应当对超过部分予以赔偿；没有提交履约保证金的，应当对招标人的损失承担赔偿责任。从前述规定分析，招标采购合同的法律责任更多的是行政责任，民事责任只是一种补充。我们再来对比政府采购法所规定的政府采购合同，没有任何一个条款规定供应商在合同履行过程中变更、转让行为必须要承担行政责任。由此而来，通过公开招标或者邀请招标等采购方式所达成的政府采购合同在履行过程中所发生的解除、变更、中止、转让、终止等合同行为，如果我们同时适用这两部法律时，一部说必须承担行政责任，另一部则说自愿吧，应该根据合同法的内容执行。显然，两部法律在同一问题上必然会打架。
政府采购合同适用合同法，那么政府采购合同履行过程中是否需要变更，是否有权利变更，怎么样变更，如何变更，什么时候变更，这些是我国合同法法律赋予双方当事人的自由选择权利，变或不变的决定权取决于双方当事人，只要协商一致，当事人之间达成了合意，就可以对合同的主体或合同的内容进行改变。但政府采购法又限制双方当事人所享有的这些合同权利。显然，这部法律犯了自相矛盾的错误。根据《政府采购法》第五十条规定，政府采购合同的双方当事人不得擅自变更、中止或者终止合同。政府采购合同继续履行将损害国家利益和社会公共利益的，双方当事人应当变更、中止或者终止合同。有过错的一方应当承担赔偿责任，双方都有过错的，各自承担相应的责任。
笔者认为，我们非常有必要分析前述第五十条第一款、第二款、第三款所存在的立法缺陷。在这三款中，问题最大的是第二款和第三款。首先，来看第一款。合同签署后，任何一方均不得擅自变更合同，但经过双方协商一致进行变更、中止或者转让，则是合同法所允许的。其次，关于第二款。政府采购合同继续履行将损害国家利益和社会公共利益的，双方当事人应当变更、中止或者终止合同。按此条款的逻辑构成，我们进行一下反推理，如果合同继续履行没有损害国家利益和社会公共利益的，是否变更、中止或者终止合同的权利应该还是取决于双方当事人。但是，我们如果允许双方当事人合意变更、中止或者终止。
如果合同继续履行没有损害国家利益和社会公共利益的，是否变更、中止或者终止合同的权利应该还是取决于双方当事人。但是，我们如果允许双方当事人合意变更、中止或者终止政府采购合同的继续履行，那么，势必要侵害到先前参加公开招标竞争程序而未能中标、成交供应商的合法权益。政府采购法倘若不对合同当事人这种变更行为进行相应限制，势必使原先的公平竞争、公开透明的政府采购程序流于形式、徒劳无益，显然有悖于我国政府采购立法的宗旨。第三，也就是前述的第三款，有过错的一方应当承担赔偿责任，双方都有过错的，各自承担相应的责任。笔者认为，因为政府采购合同的当事人服从于国家利益和社会公共利益所发生的情形，而引起变更、中止或者终止合同的，双方当事人都不存在着过错，合同变更、中止或终止的原因不属于当事人主观意志所能够控制的。因此，也就不存在合同双方当事人谁是谁非的主观过错的问题。当事人都没有主观过错，变更、中止或者终止合同是考虑到国家利益和社会公共利益，由此造成当事人的经济损失应该由国家来承担赔偿责任。否则，显然有悖于法律所倡导的公平原则。
综上所述，我国政府采购法仅仅从私法的角度来界定政府采购合同，而没有从公法意义上对政府采购合同进行定性是错误的，且与大多数国家和地区的政府采购合同制度都是背道而驰的。由于国家立法没有对政府采购合同进行准确定位，又没有考虑到另一部公共采购法的存在，造成了两部法律发生了严重冲突。笔者认为，解决问题的惟一办法就是将政府采购法与招标投标法合并，重新对政府采购合同进行定位，用专门的章节重新来规范我国的政府采购合同。
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