总包合同的效力取决于中标企业与建设工程发包方签订总包合同时是否已经存在挂靠关系。如果在签订总包合同时已经签订挂靠合同(合同名称多种多样)或者虽未签订书面挂靠合同但由实际施工人组织投标，实际施工人纯粹只是借用了名义上的投标企业的资质，则投标企业与实际施工人之间是挂靠关系，总包合同无效、挂靠合同也无效；如果在签订总包合同时以自己名义参与投标、后来中标的企业还没有与其他企业或个人达成一致意见或签订合同，约定中标后由该企业或个人实际施工，则中标企业与实际施工人之间是转包关系，总包合同有效、转包合同无效。
在现实中，挂靠和转包在相当多的情况下实际上很难界定，很多挂靠都是以转包或分包的形式出现的。当前国内很多施工企业采取挂靠方式承接工程时，一般都会在投标前事先和挂靠方签订一份内部协议，约定挂靠方和被挂靠企业在投标过程中的各自分工，一旦工程中标，则挂靠方在和被挂靠企业再签订一个正式的合同，当然，这些协议都不会对外透露，一切都蒙在鼓里的发包方很难知悉，往往是施工合同履行过程中发生纠纷后，发包方才发现其中的玄机，只能在诉讼或仲裁过程中通过庭审进一步查清相关事实。
因此，一旦与发包方发生纠纷，选择总包合同有效或无效的决定权实际上在被挂靠企业或实际施工人，而非发包方。因此当总包关系发生纠纷时，被挂靠企业和挂靠人可以选择主张总包合同无效或者有效。如果实际施工方存在违约，则可以主张总承包合同无效，被挂靠企业可以拿出证据证明实际上是挂靠人借用其资质承接工程(而被挂靠企业与挂靠人合作举证他们之间签订有挂靠合同、双方是挂靠关系是很容易的)，因为即使合同无效，也可以按照合同约定的结算条款办理结算手续，对被挂靠企业和挂靠人都没有法律风险。但对于发包方而言，总包合同无效，就意味着发包方不能依据合法有效的总包合同条款追究被挂靠企业的工期、质量或安全等违约责任，因为总包合同无效，违约条款也就随之无效。反之，如果发包方存在违约，被挂靠企业和挂靠人想对发包人进行索赔，就可以继续隐蔽两者之间的挂靠或转包关系，主张总包合同有效。
