合法的工程分包存在着众多风险(如工程质量、工期、安全、工程款结算与支付以及政策法律、不可抗力、业主方面等等)已不可小视，而违法分包、转包中蕴含的风险就更大了。
1、分包人主体资格不合法的风险。分包方主体资格不合法将导致合同无效。分包人主体资格不合法一般有：一是未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的(包括无营业执照的组织或个人)；二是没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的。由于分包方不具备建设工程分包的民事权力能力和民事行为能力，由此总包单位将面临以下几种风险：
行政处罚。根据《质量管理条例》第62条规定，承包单位将承包的工程转包或者违法分包的，责令改正，没收违法所得，对勘察、设计单位处合同约定的勘察费、设计费25%以上50%以下的罚款；对施工单位处工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款；可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。
工伤责任。如分包人不具有用工资格的，根据劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》规定，作为工程发包方的总包单位还将承担该分包人招用的民工的工伤责任。
民事责任。A、分包合同无效。如果发生分包工程质量、安全问题或者造成总包合同工期延误等问题，总包单位应向业主承担违约及赔偿的连带责任。而在实践中，总包单位很难从分包人得到实质性的赔偿。B、业主有权依法单方面解除总包合同，并据此追究总包单位的违约、赔偿责任。C、增加讼累。根据《司法解释》第26条规定，实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应依法受理。实际施工发包人只在欠付工程价款范围内对实际工人承担责任。D、收取管理费。根据《司法解释》第4条规定，总包单位由此收取的管理费则属于非法所得被人民法院依法收缴。
2、分包合同内容、形式不合法的风险。主要包括违反“主体结构的施工必须由承包人完成”和“除总承包合同约定的分包外，未经业主同意的分包”。不仅总包单位拟分包的事宜需事先征得业主同意许可，而且对工程主体结构部分必须由自己施工。否则，从合同本身而言就构成重大违约，从法律角度而言确属合同行为、内容违法。由此，总包单位将面临与分包合同主体违法情形基本相同的法律风险及后果。
3、转包及肢解后分包或分包人再次分包的风险。一是难以保证总包合同工期、质量及安全，二是往往造成总包单位所承担的实际损失远远大于原收取的管理费。行政处罚及民事责任等法律风险的承担与违法分包法律责任、后果及风险基本相同。
4、挂靠或允许他人借用本企业的营业执照及资质证书承揽工程的风险。施工企业为了规避总包合同不许分包的约定，采取同意其他单位、个人挂靠本单位进行施工或允许其以本企业名义承揽工程的现象较为普遍，造成施工企业重大损失的情况时有发生，风险十分巨大。
面临的风险有：一是行政处罚。根据《质量管理条例》第61条规定：责令改正，没收非法所得，并处工程合同价款2%以上4%以下的罚款，可以责令停业整顿，降低资质；情节严重的，吊销资质证书。二是民事责任。
除应承担与违法分包合同无效的相同法律责任、后果及风险外，还应对其以被挂靠单位名义与外部发生的借款、设备租赁欠款、材料欠款及招用人员的工伤责任等承担连带责任，甚至有可能承担全部责任的重大风险。
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