通过上述关于工程竣工结算和工期索赔的介绍，我们认为，两者有着密切的关系，在进行工程竣工结算时应该考虑工期延误和索赔(包括发包方的反索赔)问题；同时，工期索赔也必然要在发承包方进行工程竣工结算时提出并一并解决。
因为当发包方对承包方报送的竣工结算报告经审核得出双方均认可的结算结论意见后(体现的载体方式很多，或称之为工程结算单(表)，或称之为工程结算审定单(表)，等等)，该结算意见将作为双方进行工程价款最终清洁的依据，工程竣工结算工作的结束也就意味着除工程质量保修条款依然存续外，双方施工合同关系即告终结，所有的经济责任清洁。
工期索赔本身就是以双方签订的施工合同为依据，工期索赔自应在合同履行及有效期内。如果发承包方在进行工程竣工结算时，机械地将结算工作与工期索赔工作割裂开来，避而不谈工期索赔，此种工程竣工结算本身就是不完整的。
如果允许发包方在达成结算意见后另行再主张工期索赔问题，既是对先前决算工作的变相否定，又是极不科学的，公平和效率更无从谈起。并且，如果发包方可以在工程竣工结算后，以再提工期反索赔的方式肆意反抗、吞并所欠付的工程结算款，承包方的利益不但没有保证，而且承包方可能会因反诉而倒给发包方赔款，这在建筑业今天本已经存在发承包方地位极不平等的现状下，更加重了承包方弱势地位的态势。
鉴于实践中，发包方多以工期延误为由提出高额违约金要求，以对抗、吞并承包方提起的拖欠工程款的诉请，司法裁决的结论也不尽统一，有必要理顺工程竣工结算与工期反索赔的关系，明确工程竣工结算的范围，明确合同发包方主张工期反索赔的途径和时间，以定分止争，这在现在全国上下加大工程款拖欠工作的背景下，更显其重要性。
