信息技术的价值是通过应用而体现的，项目管理软件也不例外。但由于国内整体管理水平偏低，对项目管理知识体系缺乏了解，造成项目管理软件应用困难重重。有实力的项目管理人才不足，也成了提高企业项目管理水平的瓶颈。
虽然国内从事项目管理的人数已经有几百万人，但是我国的项目管理水平仍不尽人意。同发达国家相比，我国的项目管理还处于一个相对落后的阶段。这不仅体现在专业化的项目管理观念落后，业务领域的应用范围较为有限，在实施项目管理的能力上，企业也需要通过大量的培训、投入和流程改进来提升自身的项目管理能力。国内企业未能在项目中全面系统地采用项目管理这种先进管理方法，没有形成专业化。与其它的企业应用软件一样，项目管理软件，尤其是企业级的应用软件同样面临两方面问题。
一方面，供应商需要对软件的功能进行完全的本地化，设计一系列切合实际的、循序渐进的实施咨询方法，以及做好对国内市场长期投入的准备。对于用户来讲，他们关心的不仅仅是软件的功能强大、界面好看、技术先进等特点，而且还有软件产品或解决方案是否适合企业的实际需求。只有符合企业的实际管理需求，适合国内管理人员素质的软件产品才会受到用户的欢迎和推广。另外，项目管理软件必须采用国际最先进的技术和工具，能够体现出国际最先进的项目管理思想。
项目管理软件提供商的服务是否到位，也是软件能否成功应用的关键。毕竟，项目管理对于国内大多数企业来说还是比较新鲜的，软件厂商不仅要推销自己的产品，还应该通过咨询、培训等服务形式帮助用户学习项目管理的知识和方法。一些国内的软件公司对服务不够重视，或者用户不愿意为服务而投资，从而产生了软件买了但用不好的现象，甚至用不起来，最终成了摆设。
另一方面，用户应该注重管理流程改进与文化变革、对员工的培养以及明确定义需求范围。目前，大多数用户对项目管理的知识体系不是非常了解。用户首先应该学会项目管理的方法和工具，这样，在使用软件过程中才能得心应手。现在经常出现的现象是，项目经理往往把所有的项目计划和流程都只是记在脑子里，但是没有落实成为制度化、企业化的东西。这样很难保证项目的精确管理，只有把数据和信息落实到软件中去，项目人员才能够及时了解项目进展。软件只是一个工具，项目管理人员首先要考虑项目管理怎么做。
项目的不确定性也是项目管理软件应用不畅的重要因素之一。项目实施过程中，会出现许多项目管理人员不可控制的变数，使得软件的正常应用变得很困难。这一点在IT行业也非常突出，比如在一个信息化改建项目中，项目经理已经完成了计划，但是在项目实施过程中遇到了不可控因素造成项目不能继续，软件的使用也只能终止。
近几年来，随着各种培训机构的建立，国内出现了真正意义上的职业项目经理人。但是过去，那种来了新项目就调来做项目管理，项目结束又官复原职的现象，在许多企业和机构中仍旧普遍存在。这些临时的项目经理人往往只有一两次实践，无法积累经验，其管理水平难以得到锻炼和提高。企业应该重视项目经理的培养，让中、高层项目管理人员逐步走上专业化道路，像律师、医师、会计师那样形成有特色的行业。同时，企业领导不但应该具备一定的项目管理的知识，还应该对项目管理软件有一定的认识。现在社会上，存在这样的一些企业领导，他们认为软件看不见摸不着，从而低估了软件的作用。当软件为企业节约了成本，带来了效益时，他们往往认为这是公司职员劳动的结果，而不能发现软件的价值。
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