当前，国家审计机关在对国家建设项目进行审计时，发现建设领域较为普遍地存在建设工程合同主体与合同执行主体不一致，即建设领域中的挂靠、转包、违法分包等行为。
《中华人民共和国建筑法》规定：禁止施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围承包工程，禁止其他单位使用本单位的资质证书、营业执照以本企业的名义承接工程。施工单位为规避这一法律规定，采取无施工资质或低施工资质的施工单位利用挂靠高施工资质施工单位，签订施工合同，承接施工任务。以至当前建设领域存在一种普遍现象即：一级施工队伍中标，二级施工队伍签合同，三级施工队伍甚至无等级施工队伍施工。
建设工程合同条款的签定，要求具有较强的工程专业知识，达到合同条款合理。由于施工单位长期从事工程施工工作，具有较丰富的工程结算经验，如在工程量清单报价中采取不合理的不平衡报价，易于在合同中有意识地埋下伏笔，使之在工程结算中有利于施工企业。而建设单位往往在工程结算经验方面处于弱势地位，不能在订立合同时有效防止不利因素的产生。同时由于法院在审理此类工程结算纠纷时，重点审查合同主体是否合格、合同内容是否合法、合同意思表示是否真实，在此基础上更多的强调合同的有效性，由于法院本身不具备这方面的工程专业知识，难以从专业技术方面发现合同结算中存在损害国家利益的问题，从而容易作出不利于建设单位的判决，而最终损害了国家的利益。
由于国家建设项目的出资人是国家，在利益方面存在国家、企业、个人三个方面的利益关系，这种利益格局本身存在损害国家利益的可能。加上建设领域中建设市场不健全，不规范行为、腐败行为的存在，建设单位、监理单位、设计单位、施工单位从自身利益出发，共同串通以不法手段损害国家利益（粤海铁路建设项目就是典型事例）。在这种状况下，建设单位即国家利益的代理人所签定的建设工程合同就很难代表国家的真实意思。人民法院在审理部分国家建设项目工程结算纠纷案中，偏面强调合同是当事人双方真实意思的表示，为维护合同形式上的合法性，则可能作出损害国家利益的判决结果。
国家审计是对建设各方履行合同情况进行监督，是维护合同双方的合法权益的，只要各方完成合同所规定的内容、义务，审计机关必然要确保各方享受合同规定的合法权益。但是，对于合同履行过程中的弄虚作假、高估冒算等恶意串通行为，审计机关必然要挤悼“水分”，维护国家利益，维护施工单位的合法权益，而非不法利益，这才是国家与施工单位的“真实意思的表示”。
最高人民法院2001民一他字第2号司法解释规定：只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或合同的约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。高院的这一规定从法律上为国有资产的流失打开了缺口，同时也使《中华人民共和国合同法》与《中华人民共和国审计法》对立起来，产生了错误的后果。
《中华人民共和国审计法》第23条规定，国家审计机关对国家建设项目进行审计监督。检查其投资活动的真实性、合法性和效益性，以保证国有资产的安全、完整。从法律上明确审计机关对国家建设项目审计的合法性，这种审计监督权而非合同约定的权力。因此，高院的司法解释从程序上、权限上都有悖于《中华人民共和国立法法》的规定，从内容上也违背了《中华人民共和国审计法》规定的固定资产投资审计的职能。
