刑案未立，段云聘请律师状告东城区房管局。段云认为东城区房管局行政不作为，要求对协和医院在拆迁过程中的违法行为进行处罚。有相同遭遇的另外两家也向东城区房管局反映了协和医院在拆迁中存在的问题。
东城房管局则在答辩状中称，段女士和协和医院的拆迁纠纷，协和医院一方曾向其申请行政仲裁，房管局已经受理，但因段女士提起行政诉讼，因此才中止了裁决程序。
对于协和医院“雨夜拆楼”的行为，房管局曾在2008年4月3日，向协和医院发出《关于对部分百姓反映你院拆迁工作中存在问题的处理意见》。意见中称，接到举报反映协和医院“在拆迁职工宿舍楼过程中存在违法行为”,房管局调查现场状况，认为居民反映的问题“基本属实”.《意见书》中，房管局提出的处理意见为：协和医院应立即停止该楼拆迁工作，同时进行整改；积极配合公安机关调查取证；同时做好居民工作，妥善解决居民的拆迁补偿和财产损失赔偿问题。
行政诉讼无果，段云于2009年7月28日，向东城法院提起民事诉讼，诉讼的直接对象是协和医院。
起诉书中称，协和医院的“违法拆迁行为”给段云造成了重大的经济损失和精神伤害，因此要求对方赔偿房屋价值157万余元、屋内物品损失2万余元、律师费4万元等共计182万余元，同时要求协和医院书面赔礼道歉。
此案历经近两年，东城法院开庭近10次，试图对双方做各个角度的调解工作，但并未奏效。
协和医院在多次庭审中称，医院作为市重点工程的建设方，其建设拆迁行为合法合规。段云拒绝搬迁，严重影响了市重点工程的进度。2008年3月20日，协和医院为了紧急避险，才将段云房屋内的财产转移，这属于无因管理而非侵权。段云所称的财产损失没有依据，协和医院目前仅同意按照涉案房屋建筑面积，以每平米1.2万元的价格对段云进行补偿。
至于房屋的价值问题，协和医院在庭审中出具了2007年4月26日委托评估机构作出的评估报告，认为涉案房屋价值为45.8637万元。
在协和医院给段云的信函中，其特别指出，国家发改委批复的拆迁补偿价格为每平米10571元，经协和医院提出意见，最终才提高至1.5万元。律师王良斌要求看到国家发改委的批文，遂提出申请。2008年7月，国家发改委回函称，这些文件材料涉及第三方的权益，而卫生部等第三方不同意公开，因此不能公开这个项目的相关文件和材料。
案件立案后，段云一方也递交了申请，由法院委托北京安泰祥土地房地产评估有限公司对涉案房屋的市场价格进行评估。2010年11月18日，安泰祥公司出具估价报告，认为在2009年7月28日段云起诉时，她的房屋价值为146.37万元。段云一方称，认可这个估价报告，协和医院此前提出的每平米1.5万元的价格太低。
今年5月20日，东城法院对此案做出一审宣判。法庭依据《物权法》断案，判决协和医院给付段云房屋损失146.37万元、屋内财产损失1800元，驳回了段云的其他诉求。
判决书指出，协和医院虽然取得了拆迁许可证，但在未和段云就拆迁安置补偿事宜达成协议、且没有经段云同意的情况下，将段云房屋内财产搬离并将房屋拆迁，侵害了段云对房屋的所有权，应当承担相应的赔偿责任。
东城法院认为，因为段云和协和医院并未签署拆迁安置补偿协议，协和医院也没有提供充分证据证明段云已收到2007年4月的评估报告，所以段云房屋价值赔偿标准应当参照起诉后出具的评估报告。
因段云侨居海外，东城法院判决中规定上诉期限为30天。段云在收到快递后，没有提出上诉申请。
