根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)第一条规定：“关于土地增值税清算时收入确认的问题：土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。”
根据《土地增值税暂行条例》第八条“有下列情形之一的，免征土地增值税：(一)纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的，免征土地增值税;增值额超过扣除项目金额20%的，应就其全部增值额按规定计税。
所以应该区分普通住宅、非普通住宅和商铺的销售收入。
土地成本按“占地面积法”分摊：某期项目应分摊的土地成本扣除项目金额=土地成本扣除项目总金额×某期项目占地面积/各期总占地面积
分配绿化占地面积=某期建筑占地面积比例×道路及绿化面积
某期建筑占地面积比例=某期建筑占地面积/总建筑占地面积
分配后的某期占地面积=某期建筑占地面积+分配的绿化道路占地面积
1、分期开发的，如果各期完工情况不同，应按建筑面积法对各期开发成本进行分摊
除土地成本以外的其他开发成本按“建筑面积法”分摊：某期项目应分摊的混合成本扣除项目金额=混合成本扣除项目总金额×某期项目建筑面积/总建筑面积
2、在同一期开发成本中，应按层高系数法对不同类型的房屋进行开发成本的分配
选取普通标准住宅层高(住宅层高2.8米)为基数，层高系数设定为1;非普通标准住宅、商铺层高均高于住宅层高，其层高与住宅层高之比，得出其层高系数，即：
非普通层高系数=非普通住宅层高÷住宅层高=2.8÷2.8=1
商铺层高系数=商铺层高÷住宅层高=4÷2.8=1.4286。
