１、如何确定个人独资企业和合伙企业投资者申报时间和地点。实行查账征收投资者缴纳的个人所得税，按年计算，分季预缴，由投资者在每季度终了后15日内预缴，年度终了后3个月内汇算清缴。对投资者兴办两个或两个以上企业，实行核定征收的，投资者应分别向主管税务机关申报缴纳个人所得税；实行查账征收的，投资者应分别向主管税务机关预缴个人所得税，年度终了后将各企业的经营所得合并，计算应纳税款后，各投资者分别向主管税务机关办理汇算清缴。
２、个人所得税费用扣除标准问题。对个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者的生产经营所得依法计征个人所得税时，个体工商户业主、个人独资企业和合伙企业投资者本人的费用扣除标准统一确定为24000元／年（2000元／月）。
３、合理费用予以税前扣除。个体工商户、个人独资企业和合伙企业向其从业人员实际支付的合理的工资、薪金支出，允许在税前据实扣除。个体工商户、个人独资企业和合伙企业拨缴的工会经费、发生的职工福利费、职工教育经费支出分别在工资薪金总额2％、14％、2.5％的标准内据实扣除。
４、广告费、业务宣传费、招待费用扣除有最高限额。个体工商户、个人独资企业和合伙企业每一纳税年度发生的广告费和业务宣传费用不超过当年销售（营业）收入15％的部分，可据实扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。另外，每一纳税年度发生的与其生产经营业务直接相关的业务招待费支出，按照发生额的60％扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5％。
