企业所得税的纳税义务人是指在中国境内实行独立经济核算的企业或组织。根据规定，不同的组织形式，对是否构成纳税人，有着不同的结果。公司在设立下属公司时，选择设立子公司还是分公司对企业所得税负会产生影响。由于子公司是独立法人，如果盈利，其利润不能并入母公司利润，应当作为独立的纳税义务人单独交纳企业所得税。
当子公司所在地税率较低时，子公司可以少纳企业所得税，使公司整体税负较低。而分公司不是独立法人，只能将其利润并入母公司交纳企业所得税，无论其所在地税负高低，均不能增减公司的整体税负。再者作为公司，其营业利润要交纳企业所得税，是企业所得税的纳税义务人，而税后利润作为股息分配给投资者，投资者还要缴纳一次个人所得税，又成为个人所得税的纳税义务人。
而合伙企业则不作为公司对待，不构成企业所得税的纳税义务人，只课征各个合伙人分得收益的个人所得税。例如，纳税人甲、乙、丙经营一家商店，年应纳税所得额为300000元。该商店如果按合伙企业课征个人所得税（假定甲、乙、丙分配比例相同），应纳税额为（100000×35%-6750）×3=84750（元）。如按公司课征所得税，税率33%，应纳税额300000×33%=99000（元），税后利润201000元全部作为股息分配，甲、乙、丙还要交纳一道个人所得税（67000×35%-6750）×3=50100（元），共纳税99000+50100=149100（元）。
很明显两者税负不一致。因此，甲、乙、丙做出了不组织公司，而办合伙企业的决策。因此，在设立企业时，要考虑好各种组织形式的利弊，做好所得税的税收筹划，才能决定是设立股份有限公司还是设立合伙企业，是设立子公司还是设立分公司。
