目前，我国仅对煤炭、石油、天然气、其他非金属矿原矿、黑色金属矿原矿、有色金属矿原矿和盐这七种资源征税，而对大部分如森林、草原、水、地热、滩涂等资源的开采和利用都没有征税，其征收范围大大小于世界其他国家资源税的征收范围，导致了调节的广度不够，不能充分发挥资源税对保护自然资源，保护生态环境的作用。
而且，课税范围的窄小使纳税资源的价格比非税资源的价格高，相应地，纳税资源的后续产品的价格在商品价格比价中就必然相对较高，而非税资源的后续产品的价格就相对较低。这必然导致企业对非应税资源及其下游产品的需求畸形增长，从而导致对这一类资源的过度开采、过度消耗和严重的浪费，破坏了资源供给和消费的平衡状态，影响可持续发展。
第二、现行资源税的设计理念与可持续发展理念不完全相符
资源税虽然可以调整资源开发企业之间的级差收入 ，但单纯的级差性质极大地局限了资源税制应有的作用。首先，它没有表达政府对资源的所有权和管理权，因而政府无法通过征收资源税表达保护资源和限制资源开采的意图，当然也无法发挥保护资源的作用。其次，单纯级差性质的资源税没有给出资源价格，不但不能体现资源本身的内在价值和不同资源在经济中的不同作用，而且不能将资源开采的社会成本内在化，因而无法起到遏制资源被掠夺和浪费的作用。再次，纳税人具体适用的税额主要取决于资源的开采条件，而与该资源的利用效率和资源开采造成的环境影响无关。
总体观之，目前我国资源税法律制度以马克思的地租理论为理论依据，对开发、使用我国资源的单位和个人，就各地的资源结构和开发、销售条件差别所形成级差收入征收的一种税。虽有促进资源的合理开发与利用的意图，但无法体现资源的环境成本，缺乏对资源开采企业和资源使用企业转变经济增长方式，提高资源利用效率的激励机制，难以达到保护资源和抑制资源浪费的初衷，与可持续发展的理念不完全符合。
第三、资源税计税依据不合理
计税依据是决定一个企业应交纳资源税额的一个重要因素。我国现行资源税的计税依据是，纳税人开采和生产应税产品销售的，以销售数量为课税依据;纳税人开采和生产应税产品自用的，以自用数量为课税依据。
因以销售量或自用数量为计税依据，企业开采而未销售或未自用的资源，不在纳税范围，无须纳税，不用付出任何经济代价。这无疑变相鼓励了企业对资源的无序和过度开采，从而造成实践中大量存在“滥采富矿”、“采富弃贫”、资源积压浪费的现象，加剧破坏生态环境，降低了资源的“回采率”。不利于资源可持续开发利用。
第四、资源税单位税额偏低，且税率的设计缺乏对价格的反应机制
现行资源税的单位税额只是部分地反映了资源的级差收入，单位最高税额60元/吨(固体盐)，最低0.3元/吨(煤炭)，这使应税资源的市场流通价格不能反映其内在价值，不因资源市场的变化而调整，与市场机制的要求相背离。过低的资源税负，造成资源价格偏低，违背了价值规律，束缚了资源市场的发展，也间接导致了自然资源的盲目与过度开采，不利于激励企业节约和循环利用资源。
同时，我国现行资源税采用从量定额征收，使应纳税额与价格变化相脱离。其结果是，虽然近两年我国对部分矿产资源由于其价格的大幅攀升而提高了单位税额，但和价格的大幅攀升所产生的利润相比可以说微不足道，税率缺乏对价格变化的弹性，没能体现出资源的真正价值，流失了大量的税款。
第五、税收征管水平有待提高
由于资源税涉及较多的个体、私营及乡镇企业，加之矿产品主要分布在边远地区，多采取定期定额征收，因此工作量大，税收征管力量不足。此外，纳税人纳税意识淡薄，财务核算制度不健全，导致税收收入流失。
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