某企业年度汇算时向主管税务机关申请研发费用加计扣除，经审定不予享受税收优惠，原因是企业研发立项后，未按规定进行项目确认及项目登记。
根据规定，企业享受研究开发费用税前加计扣除政策一般包括项目确认、项目登记和加计扣除三个环节。
项目确认是指享受研究开发费用税前加计扣除政策的项目，需经当地政府科技部门或经信委进行审核，并取得《企业研究开发项目确认书》。项目确认实行常年受理，集中确认的原则，企业申报项目确认的截止时间为每年的12月31日，超过期限的原则上不再受理；企业当年立项或变更立项的研究开发项目，应自项目立项或变更立项之日起1个月内申请项目确认和登记；企业跨年度开发的研发项目，在首次立项研发的年度申请项目确认和登记，以后年度不再报送研究开发项目确认和登记资料。
项目登记是指企业取得《企业研究开发项目确认书》后，经主管税务机关审核，主管税务机关对项目进行登记并出具《企业研究开发项目登记信息告知书》。税务机关依流程受理项目登记，不再由企业向主管税务机关申报登记；税务机关在审核过程中，对情况不清的，深入企业调查了解核实情况。对无异议的，向企业发放《企业研发项目登记信息告知书》。
案例：A废旧物资利用有限公司是一个利用三废产品进行生产的大型生产型企业，2009年企业经过对市场的研究决定对热能回收利用及尾气净化系统和设备进行开发研究，如果成功将作为企业今后的生产方向。2010年企业在进行企业所得税汇算清缴时，将研究经费190万元在税前进行了扣除，并加计扣除了95万元。但税务机关却要求该企业调整应纳税所得额95万，并补交企业所得税。
答：根据《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》的规定，该项研究属于《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》（2007年度）规定范围，但该企业在从事研究开发时，没有到当地政府科技部门或经信委进行审核，因此，没有取得《企业研究开发项目确认书》。政策规定，企业需拿到确认书后，报主管税务机关审核，主管税务机关对项目进行登记并出具《企业研究开发项目登记信息告知书》。这时，企业才具备加计扣除研发经费的资格。
有纳税人认为，只要是发生符合条件的研发费用，税务部门都应当允许加计扣除，资料备案并不重要，这种观点给企业带来了一些不必要的涉税风险。日前，溧水县开发区某企业王会计来到办税服务厅询问，该企业是南京某集团旗下的一个子公司，集团总部在内部审计时发现该企业2009年企业所得税年度申报时没有对研发费用进行加计扣除，导致多缴了税款。问是否能在2010年企业所得税汇算清缴时补充加计扣除？或者申请退税或抵税呢？
根据《关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函[2009]255号）规定，列入企业所得税优惠管理的各类企业所得税优惠包括免税收入、定期减免税、优惠税率、加计扣除、抵扣应纳税所得额、加速折旧、减计收入、税额抵免和其他专项优惠政策。除国务院明确的企业所得税过渡类优惠政策、执行新税法后继续保留执行的原企业所得税优惠政策、新企业所得税法第二十九条规定的民族自治地方企业减免税优惠政策，以及国务院另行规定实行审批管理的企业所得税优惠政策外，其他各类企业所得税优惠政策，均实行备案管理。
因此，根据上述规定，加计扣除属于列入企业所得税优惠管理的项目，必须实行备案管理，并且只能在发生当年享受，年度汇算清缴期过后，不能在以后年度补充扣除加计部分。
[案例]以上A废旧物资利用有限公司，如果在2009年进行热能回收利用及尾气净化系统和设备进行开发研究时，到当地政府科技部门或经信委进行审核，符合条件，并取得《企业研究开发项目确认书》和税务部门的《企业研究开发项目登记信息告知书》后，是否能在2010年企业所得税汇算清缴时加计扣除？
[解析]研发费加计扣除是实行备案管理的一项优惠政策，如果A公司在2010年企业所得税汇算清缴期内到主管税务部门进行了备案，那么其研发经费加计扣除的95万就可以扣除。如果过了企业所得税汇算清缴期还没有备案，那么其研发经费加计扣除的95万就不可以扣除。因为该项优惠政策实行备案管理，并且只能在发生当年享受，过了企业所得税汇算清缴期就不可以享受政策了。
一、财务核算不健全且不能准确归集研发费用的企业发生的研发费不得加计扣除。
二、非创造性运用科技新知识，或非实质性改进技术、工艺、产品（服务）发生的研发费不得加计扣除。
四、委托外单位进行开发的研发费用，由委托方按照规定计算加计扣除，受托方不再加计扣除。
五、委托外单位进行开发的研发费用，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。
六、纳税人未按规定报备的开发项目研发费用不得享受加计扣除的优惠政策。
七、企业集中研究开发的项目的研发费应在受益集团成员公司间进行合理分摊，各公司申请加计扣除时，应向税务机关依法提供协议或合同，对不提供协议或合同的，研发费不得加计扣除。
八、研究开发费用和生产经营费用划分不清的，不得享受加计扣除。
九、法律、行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。
[解析]根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》，企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。
因此C公司如果不能准确核算研发新药所耗用的原材料，那么这部分支出就不能加计扣除。
1．技术开发费的加计扣除形成的亏损，在新法实施后，如何处理？
答：根据《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函[2009]98号）规定：关于技术开发费的加计扣除形成的亏损的处理，企业技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。
2．企业在研发新品时发生意外事故，造成损失，因为该企业参加了财产保险，损失的一半获得了保险公司赔偿，问获得赔偿部分是否可以在企业所得税前扣除？
答：根据苏地税发[2009]6号《江苏省企业研究开发费用税前加计扣除管理办法》企业发生的研究开发费用，法律、行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。而意外事故损失保险公司给予的赔偿。是不允许企业所得税前扣除的。所以不应加计扣除。
3． 某企业研发人员在项目开发阶段，因工作需要频繁往返于内地和香港，差旅费金额较大，向税务人员咨询，差旅费能否计入研发费用享受加计扣除？
答：根据《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发[2008]116号）的规定，企业从事规定的研发项目的下列费用支出，可允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除：（1）新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。（2）从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。（3）在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。（4）专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。（5）专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。（6）专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。（7）勘探开发技术的现场试验费。（8）研发成果的论证、评审、验收费用。据此，上述规定之外的任何费用都不得享受加计扣除，故研发人员的差旅费也不得加计扣除。
