笔者从北京市西城区地税局获悉，虽然近几年北京代理业发展十分迅猛，相关税收也取得了较大幅度增长，如该区内从事代理业务的200多家企业去年缴纳的营业税高达6810万元，比1999年增长了2000多万元，增幅达41％，但由于代理业的特殊性，从事代理业务的企业在缴税过程中仍存在一些突出问题。
首先，从事代理业务的企业经常不在纳税义务发生时及时缴纳营业税。按照《营业税暂行条例》规定，这些企业在收到委托方支付的款项时，应是它的纳税义务发生时间，须在当期缴纳营业税。但有些从事代理业务的企业进行账务处理的方式是收取款项时先记入往来科目，在支付相关费用后再结转收入科目，以致造成其在结转收入时才计算缴纳营业税，使税款不能及时上缴。
其次，代理业的应纳税营业额不易确定。西城区地税局在调研中发现，代理业在缴纳营业税方面存在的一个主要问题，就是应该全额纳税还是差额纳税。考虑到代理业的特殊性，北京市地税局（京地税营[1995]318号）文件对代理业纳税作了规定，“凡从事现行《营业税税目注释》规定范围内服务业税目的代理业业务经营者，可以向委托方收取全部收入减去支付给其他协助或最终完成委托事项者的费用支出后的余额为其营业额，据以计算征收营业税。除此之外，这类代理业业务经营者自身发生的任何经营费用，均不得冲减其应计营业税的营业额”。但是在实际执行过程中税务部门发现，所谓“支付给其他协助或最终完成委托事项者的费用支出”与“自身发生的任何经营费用”不仅很难区分，而且“最终完成委托事项者”是否包括委托事项的最终指向者、受益者等在文件中也未作出明确规定。
为此，税务部门只能这样认定：代理企业向其他完成委托事项者支付费用，如果收款方将发票开具给委托方的，那么这笔支出可以从代理企业的收入中扣除；如收款方将发票开具给代理企业，则视为是代理企业自身的经营费用，不得冲减营业额。一些代理企业向笔者反映，这种认定方法使其税收负担明显过重。举例来说，目前从事代理订房业务的中介公司取得的手续费收入一般只占其收入总额的3％～4％，由于其向酒店支付房费时，酒店将票据开具给中介公司，而不是开具给客户，所以中介公司应按收入全额的5％缴纳营业税，这样算起来，中介公司每做一笔生意，反而要赔掉1％。
对代理业适用的营业税税率，一些从事代理业务的企业也有不同意见。如正在开始实施的北京市政交通“一卡通”工程建设，用户在使用IC卡乘车后，通过网络把信息汇集到代理公司，公司再根据收到的信息把各公交公司应得的票款通过银行划出，并按票款的一定比例作为公司的代理收入。
在代理公司看来，其取得的收入应与各公交公司一样按交通运输业3％的税率缴纳营业税；但税务机关则认为，其从事的业务属于一种新型的代理业务，应按服务业税目中“代理业”子目5％税率缴纳营业税。另外在代理业如何开具发票问题上有些规定也不明确。代理业由于其特殊性，在收取款项开具发票时也与其他企业有所不同，这方面主要分两种情况：一种是收款时全额开具服务业发票；另一种为收款时先全额开具资金往来发票，最后结算时开具结算发票，即服务业发票。由于代理业没有专门的会计制度，所以代理企业采用的会计制度多不统一，多数企业采用旅游服务业企业会计制度，少数企业采用的是其代理业务所属行业的会计制度，如商品流通企业会计制度、交通运输企业会计制度等，这也给税收征管增加了一定难度。
有关专家指出，为了规范代理业的纳税行为，一方面应尽快出台代理业专门会计制度，从税收政策上明确代理业收入的征税及扣除范围；另一方面，可以考虑设计代理业专用发票，比如将其实际取得的报酬和代收代付费用开具在同一张发票上，分项填写。这样，代理企业实际取得的报酬是多少，应向第三方支付的费用一目了然，这样有助于对扣除项目进行判定。
