税收征管是整个税务工作的前沿阵地和关键环节。国家税务总局通过多年的征管工作实践和积极探索，到2003年我国基本在地方推广中国税收征管信息系统(CTAIS)工程。效能逐步显现。它促进了税收征管手段和服务方式的改善，基本适应了经济发展的需要。然而，现行税收征管模式也存在着分工不明、职责不清、衔接不畅、管理缺位等问题。主要表现为以下几方面：(一)在征收工作中存在“重征收，轻管理”思想，税收收入是财政收入的重要组成部分。近几年，由于经济增长较快，税收收入大幅递增，税务机关看到取得的成绩，掩盖了管理方面的漏洞，使小规模纳税人和个体定额户管理更加薄弱，一般纳税人管理单位与业户接触机会少，造成管理脱钩，收入和管理没有真正做到协调并重;尤其是改革力度不到位，征、管、查三环节中，征收和稽查实现了集中，管理环节集中程度很低，未能形成协调统一的指挥中心，三者职能得不到充分发军。(二)专业化分工过于僵化，制约了征管工作的整体性、连贯性。由于单一追求集约化征管，忽略了分工协作，在很多环节出现了断档和脱节，基层征收和管理的衔接渠道、业务流程因为利益因素而不畅通，税源监控特别是零星税源监控，对税源变化分析缺乏前瞻性。造成管理上事前、事中、事后相脱节，很难及时、准确地为领导提供管理决策依据。(三)企业和公民纳税意识淡薄，部分企业和个人不把依法纳税作为应尽的义务，甚至存在着“要想富，吃税务”的观念。如目前个人所得税征收不错的一些省份仍有一部分单位尚未实行个人所得税代扣代缴。据有关方面估计，在所有应缴个人所得税的人当中，只有13%的人是主动申报纳税的，不主动申报或申报不实的问题严重。而且这部分人已有相当数量。一些“三资”企业和“挂靠”承包企业大部分名为国有、集体，实为个体、私营企业，偷税漏税现象比较普遍。为了保证税款的顺利收缴，避免国家税收流失，新税收《征管法》明确了税收优先于无担保债权、优先于罚款、没收违法所得等其他各类公、私之债的地位，当纳税人除了税收之外，还负有偿还、给付以上所列其他各类公、私之债义务的，纳税人所有的财产应当先供执行税款。其目的是防止纳税人钻法律的空子，恶意抽逃资本重组公司，或者与其他人恶意串通转移资产，致使国家大量欠税无法收回。(四)有些地方政府在处理税收与经济的发展关系上还存在认识上的偏差，有些地方政府认为税收过严会影响个体、私营经济的发展。另外还存在有法不依问题。如在企业重组过程中，一些纳税人借企业重组之机，拒绝履行纳税义务;重组后的企业，有的拒绝承担重组前企业欠缴的税款;企业重组往往避着税务机关，致使税务机关无法追缴税款。个别地方政府认为企业重组是企业优化，发展地方经济的需要，甚至个别政府官员为显示政绩或谋求升迁，“繁荣”地方经济，不顾现实条件和长远利益，竭力扶持“典型”企业，默许会计造假存在，甚至授意企业玩弄数字游戏。政府相关部门未能协助税务部门追缴税款，致使税务部门执法的行使主动权不够，未能对偷逃税者，特别是一些有社会地位有影响的企业或“名人”的偷逃税行为认真查处，这种行为按法律规定应该惩处，但是现实中执行起来又很难，这样也影响和挫伤了基层税务人员严格执法的主动性、普通公民自觉纳税的积极性。
