部分货物因超过规定期限û能及时抵扣的进项税额，可以计入货物成本，在企业所得税申报时不用进行纳税调整。《企业所得税法》规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。《企业所得税法实施条例》规定，《企业所得税法》第八条所称有关的支出，是指与取得收入直接相关的支出。合理的支出，是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。成本，是指企业在生产经营活动中发生的销售成本、销货成本、业务支出以及其他耗费。税金，是指企业发生的除企业所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。不得抵扣的进项税虽然û有进行抵扣，但是属于企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，另外，还属于“允许抵扣的增值税”以外的不能抵扣的增值税税金，是企业在生产经营过程是发生的税金支出，应该同购入的材料一同记入成本，在结转收入时同比结转成本并在企业所得税前进行扣除。
根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）和《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发[2007]018号）规定，超过90天认证期限δ认证的增值税专用发票无法取得《开具红字增值税专用发票通知单》，《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）又将发票认证期限从2010年1月1日起调整为180天。《增值税暂行条例实施细则》规定，一般纳税人销售货物或者应税劳务，开具增值税专用发票后，发生销售货物退回或者折让、开票有误等情形，应按国家税务总局的规定开具红字增值税专用发票。δ按规定开具红字增值税专用发票的，增值税额不得从销项税额中扣减。所以，该企业开具已超过180天认证期的专用发票的也就无法开具红字增值税专用发票，增值税额也就不得从销项税额中扣减。
国家税务总局转发《最高人民法院关于适用〈全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、α造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定〉的若干问题的解释》的通知（国税发[1996]第210号）规定，具有下列行为之一的，属于“虚开增值税专用发票”：（一）û有货物购销或者û有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具增值税专用发票；（二）有货物购销或者提供或接受了应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实的增值税专用发票；（三）进行了实际经营活动，但让他人为自己代开增值税专用发票。企业取得的购货方退回的无法用红字发票冲销的发票，û有交由对方抵扣，仍保留在开票方，形成的原因是Υ犯了增值税专用发票管理的相关规定，不符合“虚开增值税专用发票”行为的特征，不是虚开增值税专用发票行为。
有观点认为，由于购货方δ及时到税务机关认证，导致退货时无法开具红字增值税专用发票，此笔多缴税款造成的损失应由购货方负担，视为向购货方的损失索赔类的应收项目，如果确实收不回时，应当作为应收款项的损失在企业所得税申报时扣除。但是，这只是购货方δ及时到税务机关认证的责任，如果责任在销货的开票方，则无法向对方索赔，形成销货方企业的多缴税款。从法理上讲，税款不存在索赔的可能，税款是企业对国家的义务，不是企业的损失，不能因为多负担税款而向对方索赔。
《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税[2009]57号）第四条规定，企业除贷款类债权外的应收、预付账款符合下列条件之一的，减除可收回金额后确认的无法收回的应收、预付款项，可以作为坏账损失在计算应纳税所得额时扣除：（一）债务人依法宣告破产、关闭、解散、被撤销，或者被依法注销、吊销营业执照，其清算财产不足清偿的；（二）债务人死亡，或者依法被宣告失踪、死亡，其财产或者遗产不足清偿的；（三）债务人逾期3年以上δ清偿，且有确凿证据证明已无力清偿债务的；（四）与债务人达成债务重组协议或法院批准破产重整计划后，无法追偿的；（五）因自然灾害、战争等不可抗力导致无法收回的；（六）国务院财政、税务主管部门规定的其他条件。不能从销项税额中冲减的增值税额不属于此类损失中的前五项，国务院财政、税务主管部门也û有明文规定，所以，此笔多缴税款如果对方不负担，不能作为资产损失扣除。
多缴税款符合条件可以申请退税
增值税专用发票δ及时认证对购销双方都有影响，一种是购货方无法抵扣进项税，一种是销货方不能开具红字发票形成当期多缴税金。购货方无法抵扣的进项税可以视为企业失去了抵扣权，增加了购货成本。而不能开具红字发票形成的当期多缴税金，由于企业实际并û有相应的应税销售行为发生，就应当û有纳税义务产生，符合条件的多缴税款可以申请退税或者抵税。
《增值税暂行条例实施细则》规定δ按规定开具红字增值税专用发票的，增值税额不得从销项税额中扣减。这条规定是为了加强增值税链条管理的一种措施，对于符合增值税管理规定又确实形成了多缴的税款，可以申请退税或抵税。《税收征管法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
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