根据《国务院关于将部分土地出让金用于农业土地开发有关问题的通知》(国发[2004]8号)的规定，从2004年1月1日起，将部分土地出让金用于农业土地开发。为加强对各地用于农业土地开发的土地出让金收入管理情况的检查、监督和考核工作，特制定本办法。
土地出让金用于农业土地开发的比例，由各省、自治区、直辖市及计划单列市人民政府根据不同情况，按各市、县不低于土地出让平均纯收益的15%确定。
从土地出让金划出的农业土地开发资金计算公式为：
从土地出让金划出的农业土地开发资金 = 土地出让面积×土地出让平均纯收益征收标准(对应所在地征收等别)×各地规定的土地出让金用于农业土地开发的比例(不低于15%)。
本办法所称土地出让平均纯收益征收标准是指地方人民政府出让土地取得的土地出让纯收益的平均值。由财政部、国土资源部根据全国城镇土地等别、城镇土地级别、基准地价水平、建设用地供求状况、社会经济发展水平等情况制定、联合发布，并根据土地市场价格变动情况适时调整。土地出让平均纯收益征收标准见附件一。
调整现行政府预算收入科目，将“基金预算收入科目”第85类“土地有偿使用收入”下的850101项“土地出让金”取消；增设850103项“用于农业土地开发的土地出让金”，反映从“土地出让金财政专户”中划入的用于农业土地开发的资金；增设850104项“其他土地出让金”，反映从“土地出让金财政专户”中扣除划入农业土地开发资金专账后的土地出让金。
市(地、州、盟)、县(市、旗)国土资源管理部门根据办理的土地出让合同，按季统计土地出让面积送同级财政部门，同时抄报省级国土资源管理部门、财政部门。
市(地、州、盟)、县(市、旗)财政部门根据同级国土资源管理部门提供的土地出让面积、城镇土地级别、土地出让平均纯收益征收标准和各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府规定的土地出让金用于农业土地开发的比例(不低于15%)，计算应从土地出让金中划出的农业土地开发资金，并按照专账管理的原则和土地出让金缴交情况，由财政部门在次月5日前办理土地出让金清算时，按级次分别开具缴款书，办理缴库手续，将属于本市(地、州、盟)、县(市、旗)的用于农业土地开发的土地出让金收入(不低于农业土地开发资金的70%部分)缴入同级国库用于农业土地开发的土地出让金收入专账；将属于各省(自治区、直辖市)及计划单列市集中的用于农业土地开发的土地出让金收入(不高于农业土地开发资金30%的部分)按就地缴库方式缴入省国库用于农业土地开发的土地出让金收入专账。
各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府要加强对用于农业土地开发的土地出让金收缴的监督，保证土地出让金专户资金优先足额划入用于农业土地开发的资金专账。
财政部和国土资源部要会同监察部、审计署等有关部门，对用于农业土地开发的土地出让金的提取比例、收入征缴情况进行定期或不定期的监督检查。各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府要定期将用于农业土地开发的土地出让金收入管理情况报财政部、国土资源部。
财政部可授权财政部驻各地财政监察专员办事处对用于农业土地开发的土地出让金的收入管理情况进行监督检查。
各省(自治区、直辖市)及计划单列市人民政府可根据本办法，结合本地实际情况，制定用于农业土地开发的土地出让金收入管理实施细则，并报财政部、国土资源部备案。
