1、凡符合应办理土地增值税清算条件的纳税人，应在90日内向主管地方税务机关提出清算税款申请，并据实填写《土地增值税清算申请表》，经主管地方税务机关核准后，即可办理竣工清算税款手续。
2、凡主管地方税务机关要求纳税人办理土地增值税清算手续的房地产开发项目，主管地方税务机关应出具《土地增值税清算通知书》并送达纳税人。纳税人应在接到《土地增值税清算通知书》之日起30日内，填写《土地增值税清算申请表》报送主管地方税务机关。经主管地方税务机关核准后，在90日内办理清算税款手续。
3、纳税人在办理土地增值税清算申报手续时，应向主管税务机关提交有关清税项目资料，并填写《土地增值税清算材料清单》。须提交的有关资料如下：
（1）项目竣工清算报表，当期财务会计报表（包括：损益表、主要开发产品（工程）销售明细表、已完工开发项目成本表）等。
（3）取得土地使用权时所支付的地价款有关证明凭证及国有土地使用权出让或转让合同。
（4）清算项目的预算、概算书、项目工程合同结算单。
（5）能够按清算项目支付贷款利息的有关证明及借款合同。
（6）销售商品房有关证明资料，以商品房购销合同统计表并加盖公章的形式，包含：销售项目栋号、房间号、销售面积、销售收入、用途等。
（9）与转让房地产有关的完税凭证，包括：已缴纳的营业税、城建税、教育费附加等。
（12）税务机关要求报送的其他与土地增值税清算有关的证明资料等。
4、纳税人应准确、据实填写各类清算申报表和相关表格；纳税人委托中介机构代理进行清算鉴证的，在《鉴证报告》中应详细列举清算项目的收入、扣除项目和进行土地增值税清算的相关鉴证信息。
5、主管地方税务机关在收取纳税人提交的申请材料和《鉴证报告》时，应认真核对纳税人提供的资料，并严格按照《鉴证报告》标准格式进行验收，对纳税人提交的申请材料齐全的，主管税务机关应予以受理，并向纳税人开具《土地增值税清算受理通知书》交纳税人转入审核程序。
6、对纳税人提交的清税资料不完整、《鉴证报告》内容不规范、审计事项情况不清楚的，应退回纳税人重新修改《鉴证报告》或补充资料，并向纳税人开具《土地增值税清算补充材料通知书》交纳税人，待清算资料补充完整后，重新办理税款清算手续。
7、主管地方税务机关应自受理纳税人清算申请之日起90日内完成清算审核工作，不含纳税人应税务机关要求的补正资料时间。
