在涉及家庭承包经营权存在冲突的民事诉讼中，有时会出现人民法院根据查明的案件事实对政府颁发的《承包经营权证书》效力不作认定或在证据上不予采信，这种情况不仅有法理基础，有时还是审判实践的客观需要。
首先，《承包经营权证书》的发放与其他权属证书如《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放有着本质区别。《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放是应申请人的申请而进行;而《承包经营权证书》的发放依农村土地承包法的规定系政府应主动履行的职权和职责，承包人虽不提出申请，但只要承包合同依法成立，即取得农村集体土地承包经营权。
其次，《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的取得体现国家的行政管理职能，行政管理机关不批准，申请人则不能取得宅基地使用权、房屋所有权和合法的婚姻关系。《承包经营权证书》的取得虽然亦体现国家的行政管理职能，但更是对平等民事主体民事活动在国家行政权力上的认可，本质上属行政鉴证的历史范畴。行政机关认为承包人不符合颁发《承包经营权证书》的条件，承包人可通过民事诉讼要求人民法院先确认已经取得的承包经营权，然后凭生效的法律文书再向行政机关要求颁发《承包经营权证书》，如行政机关不予颁发则可通过行政诉讼解决。前者强调的是审批，后者强调的是认证。
第三，《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放原则上一证一审，已经走上制度化、法治化的轨道。而《承包经营权证书》的发放不规范，通行做法是由政府先发放印有政府印章的空白经营权证书，由村委会代为填写，填写不清、少填或不填部分承包田、填写错误的则直接在证书上予以涂改，家庭承包方式取得和承包经营流转取得的承包田不作区分，等等，证书填写的随意性很大。在2003年12月1日农业部出台《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》之前，证书的发放实际是无法可依。
第四，农业土地承包法规定，承包方自承包合同生效时取得承包地承包经营权，而承包合同成立时即生效。《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》的相关规定也说明，承包经营权的取得不以《承包经营权证书》为必要条件。在民事案件中，《承包经营权证书》只是书证的一种，仍应受到人民法院必要的审查。《承包经营权证书》与土地清册不符、与承包合同成立不符而没有合法的流转手续等明显违法情况的，法院可直接认定其没有合法来源依据而不予采信。
第五，政府对承包合同是否已经成立、是否已经实际取得承包经营权仅有形式审查的职能，不具有从实体上审查承包合同是否已经成立的实质审查权，所以政府颁发《承包经营权证书》的行为是约束行政行为，行政机关没有自由裁量权。如果先由政府撤销《承包经营权证书》，政府仅能对部分因程序违法而错误颁发的《承包经营权证书》予以纠正，但对实体内容违法因没有处理承包合同的职权而陷入尴尬的局面，先民后行的处理方式是解决内容违法的《承包经营权证书》的理智选择。
第六，最高人民法院有关负责人就《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》答记者问中谈到一地数包的处理原则：已经登记的取得经营权，“需特别说明的是，《解释》之所以未将取得土地承包经营权证等证书作为确定土地承包经营权权利属性的依据，主要是基于两个考虑：1.从法律上讲，依法在登记机关进行登记，即已完备了物权法意义上的公示，只有依法登记才具有物权公示的实质意义;2.从调研情况看，确权发证的工作在个别地方还有待加强。”上述讲话是针对一地数包的情况，以其他方式承包经过登记的承包经营权亦具有了物权效力，而以家庭承包方式取得的承包经营权自合同成立即具有了物权效力，在家庭承包部分没有规定权属证书作为确定家庭土地承包经营权权利属性的依据更在情理之中。
事实上，随着农业承包由法律单向调整的格局完全确立，农业主管部门的有法可依和严格执法，对土地承包法实施后取得二轮承包经营权而按照《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》取得的《承包经营权证书》，则不会存在本文谈到的各种承包经营权之间所谓的冲突，只要承包方在二轮承包中取得了家庭承包经营权，后因抛荒、撂荒或向发包方交还家庭承包田，而与所在村委会、村民小组、实际耕种土地的第三人发生的纠纷，应归属于最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第一条规定的农业承包合同纠纷、承包经营权流转纠纷、承包经营权侵权纠纷的范畴，均属于平等主体之间的民事纠纷，属人民法院受理民事案件的范围，应及时立案受理，第三人以政府颁发的《承包经营权证书》或登记机关制作的土地清册作抗辩的，人民法院应根据案情确定其效力，确定一方的承包经营权，而不应以土地权属纠纷裁定由政府处理。
U182637395
U381614141
