弊端之一：各级地方政府在财政收入方面没有自主权的财政压力下，土地出让金可使地方政府将后50～70年的土地收益一次性收取，必然造成地方政府运用各种手段扩大出售土地换取收入的短期行为。为了扩大土地批租量，获得短期高额收益，往往突击加大基础设施建设力度，越权减免税收，以吸引外商或民间投资。这种行为，既有悖于“代际公平性”即代际之间利益关系公平性，又有损于土地资源使用的有效性。在代际公平问题上，绝对倾向于任何一个特定时代都是不可取的。也就是说，我们既要防止过高的积累率影响当前消费，从而影响人们的劳动积极性，又要坚持可持续发展，不能损害子孙后代的利益。拥有13亿人口的中国，土地资源这个不可再生的资源，更稀缺珍贵，其使用的有效性更关键。
弊端之二：土地出让金的利益分配机制不合理。土地出让金是若干年土地使用期的地租之和，本届政府获得的土地出让金，实际上是一次性预收并一次性预支了未来若干年限的土地收益总和。从现任届和未来届的地方政府看，则是现任届政府提前支取了下一届政府的收入，是一种对土地收益的“透支”，这对于未来往后届政府显然是不公平的。在目前的土地出让金制度下，现任届政府将土地出卖，卖地收益都由本届政府支配，这样，就使得各届政府无法实现收益共享，令地方政府在任期内热衷于批地卖地。这种土地收益行为短期化，往往也导致了土地滥用。再者，有时下一任地方政府，还需要负担土地卖出之后的开发配套投入，乃至提供一些征地的补偿费等等不公。更重要的弊端是由于各地的土地储备是有限的，随着土地所有权的不断出让，各级地方政府在这方面获得的财政收入也将有朝一日而锐减，长此以往，将会出现没有土地可供出让的尴尬局面。
弊端之三：征地与卖地之间的巨额利益诱使土地“寻租”。不少地方政府，以经营城市或经营土地等名义，炒作土地。国家的供地政策改了，即实行土地有偿使用，政府通过出让公有土地收取土地出让金，但征地政策却没有改变。当前，农用地转为非农用地必须经过国家征用，在征用过程中，行政权力对土地资源配置起着绝对控制和支配作用，这就使得地方当权者有了滥用权力的机会。突出表现在，一方面用计划经济的办法低价拿地，另一方面用市场经济办法高价供地，低进高出，炒作土地，客观上形成了多占多得的机制。行政价格与实际市场价格的巨额差价，既是驱动不少地方政府大量批地卖地的动力，也是当地“寻租”行为产生的温床。由于权力的监督机制缺失，势必导致权力和利益在幅度上、范围上的随意性和滥用，导致腐败的产生。改革二十多年来，中国经济发展中出现的一次次圈地热、开发区热等等，究其深层原因，无不都是不少地方政府把土地当成生财之道，很多土地储备中心甚至把农民地预征后直接纳入土地储备，也是屡见不鲜了。
土地出让金的利益分配机制不合理，可以从浙江省对市、县政府在农地转非和土地限额审批中究竟能够获得多大收益的调查佐证。这些收益大致有以下几种：耕地占用费、耕地开垦费、土地有偿使用费。有些市、县还有城市增容费、交通建设基金、商业网点建设费等征地附加费。这些收取的土地出让金很多由地方政府作为“第四财政”进行“体外”循环。这一项调查表明，被征土地收益分配格局大致是：地方政府占二成至三成、企业占四成或五成，村级组织占近三成，农民仅占5%～10%。这样，失地农民的社会保障问题必然成为严重挑战。从成本价到出让价之间生成的土地资本巨额增值收益，大部分被中间商或地方政府所获取。从全国范围看，2001年，政府从征地中取得的一级市场的收入是1300亿元，企业取得的二级市场的收入是7000亿元。到了2002年，一级市场的收入是2400亿元，二级市场的收入达到了10500亿元。而这10500亿元中，有9%以上是抵押，即拿着土地到银行去抵押贷款。所以说，如果土地存在泡沫，它实质上就是金融泡沫。
正是上述这些凸显的突出弊端，近年我国宏观调控作出重大决策，推出了既抓信贷超贷，又抓冻结土地供应的两大杀手锏，而且又决定在2005年继续收紧地根。我认为，与此同时，在宏观调控已取得初步成效基础上，还应对土地出让金进行一次全面的清理和整顿，这似应是我国宏观调控的应有之义。
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