至于哪一级和哪一个组织机构代表农村集体拥有土地的所有权，《土地管理法》第10条则继续规定“已经属于乡镇农民集体经济组织所有的，由乡镇农民集体经济组织经营、管理。”同时，我国的《民法通则》第74条也有类似的规定，“集体所有的土地依照法律属于村农民集体所有，由村农业合作社等农村集体经济组织或村民委员会经营、管理。已经属于乡镇农民集体经济组织所有的，可以属于乡镇农民集体所有”。根据有关的调研（国土资源部，2001）指出，乡镇、村民小组农民集体拥有的土地多数在实地均有明确的界限和范围，而且其面积比例一般为1∶9∶90.似乎农村集体土地的性质与所有权主体并不存在所谓“模糊”之类的问题。但是，在实际进行农村土地流转的许多案例中，土地产权归属的纠纷的确严重。
例如上海郊区某乡兴办私营开发区，占用一个村500亩地。当时乡镇政府与该村委会商定，每亩每年补贴800元，补贴时间为8年。现在补贴期满，乡政府停止补贴。但这500亩原属村集体所有的土地现在的权属应该归谁？如果按“既成事实”，“已经属于乡镇农民集体经济组织所有的，可以属于乡镇农民集体所有”，那么，显然是乡镇政府使用行政权侵占土地所有权，随意上收村级或下级的土地所有权，即使乡镇政府已对村委会支付了一定补贴。
如果承认现在土地的所有权属于村委会，应该如何确定村对土地的收益权？当然，产生纠纷的原因可能更为复杂，当初乡镇政府与村委会的协商是否经过大多数村民的同意？从而该协商是否具有法律效力？该协商是否规定了8年政府补贴之后土地所有权的处置等问题？
类似的问题还有乡镇政府兴办乡镇企业需占用集体所有的土地，经依法批准后，占用某个村民小组的土地，该村民小组的土地使用权已转移到新兴办的乡镇企业。那么，该村民小组的土地所有权是否也同时转移到新兴办的乡镇企业呢（刘汉裔，2001）？上述二则案例说明当农村集体土地发生转移时，土地集体所有权属与使用权在法律上的确没有得到明确的规定和保障，从而产生一系列的问题也就显得十分棘手、难于管理。
