首先，得正确理解什么是“公有住房使用权”。所谓“公有住房使用权”是指通过福利分配所取得的对国家或是国有单位所有的房屋以低于市场价租赁并使用的权利。之所以有这样的福利分房，其实是国家或是单位对承租人住房消费的一种补贴，也体现了承租人劳动的价值。因此，“公有住房使用权“针对的对象一般是具有针对性的，大部分为在单位工作一定年限的职工，并不是所有的人都有权享有这样的住房补贴。
其次，在过去的法律实务中，由于“公有住房使用权“被认定为一种房屋租赁关系，即公房的所有权人是国家或单位，而承租人只能享有房屋的使用权，不享有处分、收益的权利，所以，承租人转租或是转让使用权的行为都将直接侵害了所有权人的利益，应被禁止。为此，1994年建设部出台了《城市公有房屋管理规定》，其中26条对于承租人擅自转租、转借、调换、买卖公有住房使用权的行为进行了禁止。你的同事估计也是依据这条法律认为你们之间签订的公有住房转让协议是无效的。但是，这份1994年出台的建设部的规定已于2001年被废止了。2002年底，北京市国土资源和房屋管理局出台了新的《关于开展直管公有住房使用权交易试点工作的通知》（以下简称“通知”）。这份通知中明确了北京公有住房使用权是可以有偿转让的，并对公有住房使用权转让的对象、范围、程序做了具体而明确的规定。
所以，您完全不用担心，你与你同事于2001年签订的公有住房使用权转让协议是有效的，并且在他的主动配合下，您与单位又签订了新的《公有住房承租合同》，整个程序都是合法有效的。他无权利再继续承租该公房。如果他执意要起诉您的话，您也无须害怕，只要在法庭上出示原来的转让协议和新的承租合同这两份关键证据即可。
最后，对于“公有住房使用权”交易还有一些的问题值得注意：第一，根据2002年国土资源部和房屋管理局下达的《通知》要求，进行公房使用权交易的一方必须是公有住房的合法承租人，并经过房屋所有权人的同意。因此，在进行公房所有权交易前必须先确认所有权属，并征得出租人的同意后再进行。第二，由于“公有住房使用权”的特殊性，并不是所有的人都能享有“公有住房使用权”。因此，为避免转让协议的无效及今后的纠纷，购买人应确定自己是否具有购买的资格。例如，单位承租公房使用权的转让一般要求购买人也为本单位职工。第三，通过公房使用权互换、有偿转让或是交换住房产权的方式取得公房使用权的新承租人，是可以将公房使用权再次上市交易的。这意味着公房使用权是允许流转的。但这里的流转并不包括转租的情况，转租是指不变更承租合同的情况下，将房屋交予他人居住。而“公房使用权”的转让则是要求转让协议达成后，受让人代替原承租人，与出租人建立新的租赁合同。第四，合同双方必须亲自到场签订合同并办理新的租赁变更手续，相关法律文件应避免代签，并提前或当场结清所有的相关费用。
