反垄断法是经济行政法的一种，属于公法范畴；而反不正当竞争法，是知识产权法的一种，属于私法范畴。
反垄断法调整的目的在于禁止限制竞争行为，创造良好的市场环境，维护合法竞争的自由性，鼓促进经营者积极参与市场竞争。
反不正当竞争法调整的目的在于禁止不正当竞争行为，规范合法竞争的市场秩序，维护合法竞争的公平性，鼓励经营者积极参予市场的公平竞争，保护经营者的合法地位。
《反不正当竞争法》第三条“…县级以上人民政府工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查；法律、行政法规规定由其它部门监督检查的依照其规定”；另外，自1994年开始的几轮机构改革中，均把反不正当竞争行为明确为工商行政管理部门的一项基本职能，国务院2008年7月新颁布的“三定”方案规定再次明确，国家工商行政管理总局的主要职责之一是依法查处不正当竞争、商业贿赂等经济违法行为。
《反垄断法》第九条“国务院设立反垄断委员会，负责组织、协调、指导反垄断工作，履行下列职责：…”；第十条“国务院规定的承担反垄断执法职责的机构（以下统称国务院反垄断执法机构）依照本法规定，负责反垄断执法工作。国务院反垄断执法机构根据工作需要，可以授权省、自治区、直辖市人民政府相应的机构，依照本法规定负责有关反垄断执法工作。”
反不正当竞争法主要是关注市场上企业间的相互竞争行为，目的是制止不正当竞争行为；
反垄断法关注的则是竞争者之间的协调行为，目的是防止市场上形成排除竞争或者严重限制竞争的局面。
因此，一个违反了反垄断法的行为，例如竞争者之间商定商品或者服务的价格，因为这个行为没有损害任何竞争者的利益，从而不会违反反不正当竞争法。
另一方面，不正当竞争的行为如假冒商标或假冒专利，这些行为因为不会影响市场竞争结构，不会减少市场上竞争者的数目，反垄断法也不会把它们视为是违法行为。
当然，反垄断法中也有一些关于企业市场行为的规范，特别是禁止滥用市场支配地位的规定，例如禁止这种企业实施搭售行为或者价格歧视行为等。然而，反垄断法制止这些行为不是出于这些行为不公平或者不正当（当然这些行为是不公平或者不正当的），而是因为这些行为会加强行为人已经取得的市场支配地位，从而恶化市场上的竞争条件。因此，反垄断法关于企业市场行为的规则只是针对那些拥有市场支配地位的大企业。
在反垄断法的调整过程中，国家是以公权所有者的身份出现，行使公权（包括行政权、立法权和司法权），严禁国家以公权所有者和国有财产所有者的双重身份参预市场竞争，在这里，国家处于主导地位，经营者处于服从地位。
在反不正当竞争法调整过程中，除了有关行政执法部门进行行政执法以外，国家只能以国有财产所有者的身份，以一个与其他市场参预者处于平等法律地位的普通经营者的身份，去参预市场竞争，在这里，国家与其他经营者的法律地位是平等的。
