（1）申请原因有别。虽然破产清算与重整都是在企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的情况下启动的，但破产重整的前提是法人企业仍有挽救的希望，并获得各方利害关系人的协商同意。
（2）申请时间不一。重整的申请时间提前。提出破产清算，以债务人已发生破产原因为前提，而重整申请则在债务人有发生破产原因的可能时即可提出。
（3）申请主体有所不同。破产清算的申请人只能是债务人，债权人。但重整的申请人既可以是债务人债权人，债务人的股东也可以在一定条件下提出。根据《破产法》第１３４条的规定，国务院金融监督管理机构也可以向人民法院提出对金融机构进行重整的申请。
（4）申请材料要求不同。债务人申请重整的，除应提交新《破产法》第八条规定的各项申请材料外，还应当提交债务人通过重整程序，能够维持持续经营，获得经济收益以偿还债务和摆脱困境的重整可行性报告。
（1）参与破产清算与重整活动的主体不同。债权人包括有物权担保的债权人、债务人及债务人的股东等个利害关系人等均参与重整程序的进行。而参与破产清算的主要是清算组，有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事会或者股东大会确定的人员组成。一定情况下也可由人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。
（2）管理人的职责有所不同。破产清算程序中的管理人主要进行管理工作，全面接管破产企业并负责破产财产的保管、清理、估价、处理和分配等。在重整中管理人担任的角色更像是监督人，对重整活动进行监督。
（3）重整企业可运用多种重整措施，达到恢复经营能力、清偿债务、避免破产的目的，除延期或减免偿还债务外，还可采取向重整者无偿转让全部或部分股权，核减或增加注册资本，向特定对象定向发行新股或债券，将债权转为股份，转让经营或资产等方法。重整的目的在于维持公司之事业，而不限于公司本身，故必要时还可采取解散原有公司，设立第二公司，或公司分立、与其他公司合并等方法。
（4）对担保物权的限制不同。根据新《破产法》第１０９条的规定：“对破产认得特定财产享有担保权的权利人，对该特定财产享有优先受偿的权利。”即别除权。别除权是基于担保物权及特别优先权之优先受偿权产生的，其就特定财产的优先受偿权的行使不受破产清算和和解程序的限制，但在重整程序中受到一定的限制。这是二者的重大不同之处。限制担保物权的目的，是为保证债务人不因担保财产的执行而影响生产经营，无法进行重整挽救。
（5）重整程序具有强制性。只要债权人会议各表决组及出资人组以法定多数通过重整计划，经法院批准，对所有当事人均具有法律效力。而且，在重整计划草案未获全部表决组通过的情况下（但至少有一组通过），如重整计划草案符合法定条件，债务人或者管理人可以申请人民法院予以强制批准。法院可在保证反对者的优先权利和既得利益不受损害等法定条件下强制批准重整计划，以避免因部分利害关系人的反对而无法进行重整。
（6）债务人的职权大小不同。在重整中，债务人可自行管理财产，负责制定、执行重整计划。除非债务人存在破产欺诈、无经营能力等情况，根据新《破产法》规定，在重整期间，经债务人申请、法院批准，债务人可以在管理人的监督下自行管理财产，制定重整计划，在重整计划批准后负责重整计划的执行。这可以消除债务人对重整的抵制因素，保障其合理的既得利益，促使其在发生债务危机时及早申请重整，以减少债权人的损失。而且，相对于由律师、注册会计师等出任的管理人，债务人更为熟悉企业的经营及业务，由其负责重整计划的执行，成功的可能性较大。在破产清算中，债务人不可管理其财产，而是由管理人接管。
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