(1)铁路口岸站在路网中既是编组站，又是装车站和卸车站，还又都是路网尽头站。在运输组织过程中，涉及车务、机务、工务、车站、装卸等铁路部门，还涉及海关、商检、边检等国家管理部门，同时还涉及到邻国铁路的作业方式、特点。国际联运货物的运输既受国内、国际经济市场的影响，又受国际间政治和政策的影响，还要受国际铁路货物联运协定的约束。因此，对设备能力发挥的制约因素比较多。
(2)铁路口岸站既有设备大多是按我国铁路车站和枢纽的设计规范设计的。由于没有口岸站的设计规范，既有铁路口岸站的能力与国际联运货物的运输作业不适应的问题长期以来一直困扰着口岸运输。
(3)随着市场化进程的加快，对外贸易经营权的开放，国际联运货物的货主及其批量发生了本质的变化。在口岸站货运代理公司代表货主与海关联检和铁路部门接触。计划经济时代，货主是国有外贸进出口公司，进出口货物批量大。由于合同是国家对国家签订，海关、商检、外运部门关系顺畅，运输计划也由国家安排组织，这给铁路的运输组织带来很多方便。而目前在市场经济的条件下，大批拥有外贸经营权的中小公司进入了国际联运市场，货主数量急剧上升而素质良莠不齐，国际联运货物批数和数量急剧变化。以满洲里站为例：20世纪90年代以前，货运代理由中国外运独家经营。90年代中期以来，货运代理业政策调整，现在货运代理公司已达40余家，给铁路运输的组织带来了极大困难。
(4)国际联运货物与国内货物运输的最大差别在于国际联运货物自运抵口岸站，从中方铁路货运交接员签字时起，货物便在海关监管之下，经由货运代理报关、审单、验货、缴纳关税、换装后验货放关等环节后，铁路才能进行编组、挂运作业。而上述这些环节的时间要比铁路正常的解编、挂运、装卸作业时间长得多。以满洲里站为例：俄铁车辆在站平均停留时间为3.06天，国内货车在站平均停留为2.2天，这与国内其他编组站或技术作业站的货车一次作业时间根本无法比较。由此造成铁路车辆在口岸站的滞留时间大大延长。因此，铁路口岸站堵塞的情况时有发生。
(5)衔接铁路双方的车辆构造差异给运输组织增加了难度。以满洲里站为例，俄铁通用敞车载重69t，棚车载重64t或68t。而我国铁路的敞车、棚车的载重均为60t，并且车辆装载限界也不同，由此不能实现一车对一车的换装，这样又增加了货物通关和配载方面的问题。
由此看来，随着我国国民经济的持续发展和加入wto后带来的变化，铁路走向市场的步伐在逐渐加快。面对公路及其他运输方式的竞争，铁路必须放下以往的“铁老大”的架子，改变既有的计划经济管理的模式，适应进出口货物运输的需要，同时，也是国民经济发展的需要。
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