不甘落寞的牛根生选择了自主创业。1999年1月，蒙牛正式注册成立，注册资本金100万，基本上都是牛根生和他妻子卖伊利股票的钱。“当时在呼和浩特的一个居民区里租了一间小平房作为办公室，一共只有53平米，月租金200多元。蒙牛成立的时候，仅仅在内蒙，以伊利为首的乳品企业就有数百家。和蒙牛同在呼和浩特市的伊利集团那个时候已经上市多年，有完整的冰品、液态奶和奶粉生产销售体系，当年的纯利润达到八千多万元。而1999年蒙牛刚诞生的时候，没有奶源，没有厂房，没有市场，可以说是一无所有”但是，牛根生有人。牛根生的蒙牛大旗一扯天下英雄归心，得知此消息还在伊利工作的老部下放下高官厚禄开始一批批地投奔而来，总计有几百人，无怨无悔跟他从零开始打江山，但是在乳业江湖的利益格局基本形成的时候，蒙牛的生存空间饱受挤压，或明或暗的算计来自各个角落。
有竞争对手开始希望将蒙牛这个初生婴儿扼杀在摇篮中，蒙牛经历了广告牌被砸、牛奶被截倒等等事件。面对竞争对手的明刀暗箭，牛根生选择了以退为进的策略。
当时的伊利总裁郑俊怀对于牛根生的能力有深刻了解，所以伊利也是对蒙牛打压得最厉害。但是牛根生对于曾经狠狠地抛弃了他的伊利，在任何场合都表现出了满怀尊敬。蒙牛在刚开始的时候很谦虚，打出的广告口号是：向伊利学习为民族企业争气。当时蒙牛对外宣传是内蒙古第二大乳业品牌，第一是伊利。牛根生在不同的场合提及伊利，言辞中总是充满对伊利的眷恋和对老领导郑俊怀的敬意。牛根生的做法逐步赢得的更多的同情与支持。
对于自己当时为什么要这样做，牛根生地解析是“打不还手，骂不还口，只有这种方式才能活下来，同时还能长大。”面对竞争对手想要置之死地的策略，牛根生坦言：“如果不还手是掐不死的。只要一还手掐死的可能性是特别大的。当时挨打和挨骂是为了将来不挨打不挨骂，为了自己能够生存出、发展好，最后能够不挨打不挨骂。当你打了好几年，打的和骂的过程都经历了以后，就要学会怎么样不打能赢，怎么样不战能胜。”
在强敌环视的制造行业里每年获得50%，这在很多业内人士的眼中是一个天方夜谈，这是没有胜算的赌博，看来牛氏军团打下来的江山只能让别人去享用了。
但是在强敌环侍的时候，只有“快鱼”才能生存，否则就只能被“大鱼”吃掉。牛根生同意了国际投行的条件，决定破斧沉薪，背水一战。
有了资金支持的蒙牛就像插上了翅膀，在竞争对手的枪林弹雨中，蒙牛迅速成长，从2001年到2004年，蒙牛销售收入从7.24亿元、16.68亿元和40.715亿元人民币跃升至72.138亿元。“蒙牛速度”在中国企业界引人注目。CCTV2003“中国经济年度人物”对牛根生的颁奖辞写道：“他是一头牛，却跑出了火箭的速度。”
蒙牛的速度，让外资股东无话可说，按照协议的要求，蒙牛乳业2004年的净利润是以3亿元为界限，而蒙牛公布的2004年业绩为3.19亿元，超出了外资股东的期望值。
