1.对预付账款职责分离控制的审计。被审单位应当建立采购与预付款业务的岗位责任制，明确相关部门和岗位的职责、权限，确保办理采购与预付款业务的不相容岗位相互分离、制约和监督。采购与预付款业务不相容岗位至少包括：(1)请购与审批;(2)询价与确定供应商;(3)采购合同的订立与审计;(4)采购与验收;(5)采购、验收与相关会计记录;(6)预付款审批与预付款执行。
2.对预付账款订货控制的审计。被审单位应当对于大宗实物要做到公开招标采购，并与供应单位签订合同。同时，将合同副本分送会计及请购等部门，以便于检查合同的执行情况。为防止盲目进货，对于合同以外的进货必须得到另外的批准;对于经常性消耗物料用品的购买，则不必采用定货单程序，而是采用市场定点采购的方式。但购货发票必须有购货人、收货人和部门负责人员的签字;对于小批量的材料则实行比价采购，即同等材料比价格、同等价格比质量、同等质量比服务的原则，综合分析进行采购。
3.对预付账款货物验收控制的审计。被审单位仓库部门应在其可能的范围内对货物购进日期、品名、规格、供货单位、质量及数量等进行检验。对于特殊标准的货物，仓库部门还应将部分样品送交有关专家和实验室对其质量进行检验。仓库部门检验货物后，应填制包括供应商名称、收货日期、货物名称、数量和质量以及运货人名称、原购货定单编号等内容的收货报告单，经部门主管签字后，及时交给购货和会计部门，以便于支付货款及进行相应的账务处理。
4.对预付账款入账付款控制的审计。被审单位应当按照《现金管理暂行条例》、《支付结算办法》和《内部会计控制规范——货币资金(试行)》等规定办理采购付款业务。
5.对预付账款催货控制的审计。被审单位对超过合同期的预付账款，应由采购人员和专人调查合同的逾期原因，并根据实际情况采取催货等得力措施，保证快速收货和预付账款的安全。
6.对预付账款会计核算控制的审计。企业的预付账款如有确凿证据表明其不符合预付账款性质，或者因供货单位破产、撤销等原因已无望再收到所购货物的，应将原计入预付账款的金额转入其他应收款，并计提相应的坏账准备。
