良好的内部控制是银行体系健康运行的重要基础，健全性和有效性是内部控制发挥作用两个不可或缺的因素。没有制度规定，银行业务无章可依;有制度不履行，制度将形同虚设。岗位分设、内部牵制是建立内部控制的基本原则。银行系统呆账核销的申报要由信贷、资产保全、独立稽核及会计等多个业务部门来共同完成。本案中资产保全(风险处)部门和信贷部门之间进行了串通，篡改了信贷档案和核呆档案，采取将丧失诉讼时效的贷款合同变更为有诉讼时效的贷款合同，将抵押贷款改为信用贷款等手法，为与法院联手造假取得核呆手续打下了基础。内部控制因内部串通不能发挥应用的作用，独立稽核的职能本案也没有体现，银行内部控制制度的有效性大打折扣，“小金库”、“账外经营”、“账外资产”等违法违规行为应运而生，该银行实际面临着较高的内控风险。完善内部控制是银行业稳健经营的重要基础，必须抓实、抓好。
现在银行体系普遍实施的是一级法人体制。如何对全系统实施科学的考核和监督是每一个银行总行面临的最核心的问题。资产质量和利润几乎成为各个银行总行考核下级分支机构最重要的财务指标。大量呆账的存在对各级分支机构而言一方面影响其整体资产质量，另一方面也因为每年要计提大量的呆账准备而影响其利润指标，快速核销呆账资产就成为银行业各分支机构当前的一项重要工作，同时也要求对呆账核销负有最后审批责任的总行必须把对呆账核销工作的真实性和合规性的检查监督作为其工作的重点内容之一。为此，总行在为下级分支机构制定考核指标时一定要从实体出发，不能搞“一刀切”，不能下发不切实际的“时间表”;同时，总行要加大对分支机构核呆工作的监督力度。总行对核呆工作负有最后的审批权。本案中截止到2003年末总行批准涉案行核销户数212户、金额27239万元，其中竟有175户、金额21758万元是通过提供虚假手续获批的，总行监督工作的责任需要明确，监督工作的效率需要提高。
责任追究制度落实不到位有两个方面的内涵：一是指没有建立科学的责任追究制度;二是指实践中责任追究不到位，大责任小追究、小责任不追究，使得责任追究制度形同虚设。前者存在的主要问题是责任标准没有建立起来，究竟承担什么责任不容易掌握;后者的主要表现是“内部消化”问题。
《金融企业呆账提取及呆账核销管理办法》第十九条规定：金融企业必须建立呆账损失责任认定和追究制度。每核销一笔呆账，必须查明呆账形成的原因，明确相应的责任人，包括经办人、部门负责人和单位负责人。对呆账负有责任的人员，视金额大小和性质轻重进行处理。有违法犯罪行为的，金融企业应当移交司法机关，依法追究法律责任。
第二十条规定：金融企业必须建立呆账核销责任追究制度。对呆账没有确凿证据证明，或者弄虚作假向审核或审批单位申报核销的，应当追究有关人员的责任，视金额大小和性质轻重进行处理。有违法犯罪行为的，金融企业应当移送司法机关，依法追究法律责任。呆账损失责任人不落实而予以核销的，应当追究批准核销呆账的负责人的责任。从办法中可以明显看出，呆账核销申报单位、审批单位以及各类人员是否应承担责任及承担什么责任都规定的非常明确。违法核销的背后一定有更深的动机，甚至经济犯罪线索。本案中以风险部门为主的几个相关部门及人员违法核呆的目的就是谋取小团体和个人利益。他们设置小金库、进行账外经营、处置账外资产牟取私利等已涉嫌严重的违法犯罪，应移交司法机关追究法律责任。
责任不追究、责任小追究是造成当前银行分支机构竞相申报核呆甚至违法违规核呆的一个重要外部诱因，落实责任追究制度不仅可以规范银行业的核呆行为，而且可以提高银行从业人员的责任和风险意识，在促进银行业的稳健经营和健康发展方面发挥重要作用。
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