但是，长期以来，商业汇票市场饱受遗失、损坏、抢劫、假票、克隆票等问题的困扰，保管风险、传递风险、诈骗风险等给银行和企业带来了极大的风险隐患和安全成本。面对这些棘手而又紧迫的问题，发展电子票据逐渐成为市场各参与方的共识。
电子票据是指出票人以数据电文形式制作的、委托付款人或承诺自己在见票时或指定日期无条件支付确定的金额给收款人或者持票人的票据。与纸质票据相比，电子票据具有以数据电文代替纸质凭证、以计算机设备录入代替手工书写、以电子签名代替实体签章、以网络传输代替人工传递四个突出特点。电子票据的发展，能够有效提高商业汇票业务的透明度和时效性，完全克服纸票的种种缺点，节省各方交易成本，促进统一票据市场的形成。
在央行牵头建设统一的电子票据市场之前，少数商业银行就开始了电子票据的创新及尝试。早在2005年，招商银行就创新推出了其行内电子票据系统，并在2005年底与ＴＣＬ合作开立了国内第一张电子银行承兑汇票。其电子票据业务延续至今，成功地在汽车、医药、钢铁等行业得到了广泛应用，大大提高了结算及融资效率，深受供应链客户欢迎。在招商银行之后，民生、中信也在2007年开始了各自行内电子票据业务的创新，均取得了初步的发展。
但是，几家银行的行内电子票据创新存在一个极大的制约因素——跨行流通问题。各行的电子票据只能在各自的行内客户间流转，无法背书转让给它行客户，因而极大的限制了其使用范围。有鉴于此，人民银行于2008年做出了建设全国性电子票据系统的决定，并迅速召集招商银行、民生银行、中信银行、工商银行等商业银行多轮讨论系统需求和业务需求，集中力量，加紧立项开发。
据悉，电子商业汇票系统包括电子商业汇票业务处理、纸质商业汇票登记查询和商业汇票转贴现公开报价三个功能模块。系统建设工程浩大，不仅人行需要建设跨行电子票据系统，各商业银行也需要建设行内系统与其对接，且行业系统更需整合会计、信贷、支付、网银等系统，可谓牵一发而动全身。对于部分技术和管理实力稍弱的金融机构，可能无法完全依靠自身力量开发系统，还需要借助专业软件开发商的力量。所以，人行对于系统上线和业务推广前期也持谨慎态度。各级商业银行、财务公司等，可以选择分批上线，不强求一步到位。
招商银行有关专家介绍，目前尚难以准确地预测ＥＣＤＳ上线之后，跨行电子票据将会以多快的速度取代纸质票据、会对市场带来多大的冲击，不过纸质商业汇票不会很快退出历史舞台，因为目前不是所有的企业都使用了商业银行的电子银行服务，但是，可以预见的是，随着人行电子票据的推广和流通，企业处理电子票据业务各交易环节的信息，都以电子信息的形态存在于ＥＣＤＳ系统中，将有利于企业集中管理票据信息。同时，如果ＥＲＰ或者其他资金管理软件配合上各商业银行的银企直连服务，企业有望在一个系统中实现全部电子票据信息的集中管理。
同时，ＥＣＤＳ系统会对各商业银行的商业汇票业务规模造成巨大的影响。例如，在传统商业汇票背书，背书人是将票据按照要求填写完毕背书信息后交送给被背书人即可，而在ＥＣＤＳ系统中，背书人填写背书信息时必须包括被背书人账号及其开户行行号，也就是说，被背书人必须选择一个银行去签收该张电子票据，这张票据也将理所当然的托管在这家银行的系统中，后续业务或托收也将顺理成章地在这家银行办理。于是，争夺企业电子票据的托管，或将成为未来市场竞争的一大焦点。
招商银行有关专家分析认为，在ＥＣＤＳ正式上线后的一个时期，各家银行将会对其业务模式和营销模式进行创新，显而易见，国内银行商业汇票市场的格局将后因此而改变。
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