此外，所有进入应用商店的程序都要经过审核，苹果公司拥有按照审核协议拒绝软件上架的权利。而作为一个从知识产权制度中受益良多的科技企业，苹果公司多次表示他们对涉及知识产权纠纷的应用从未手软。App Store是一个天然的收费系统，其用户具有较强的软件购买意识。英国“掌上马戏团”公司的创始人西蒙?奥利弗就在中英App产业创意企业家论坛上表示，相较于安卓系统，他们更倾向于为iOS，以及其他对应用软件有着较完善管理的开发环境，如索尼公司的PS3游戏机、微软公司的XBOX游戏机等设备开发软件。
尽管App Store的知识产权保护口碑良好，但在依据知识产权法律与商业分成规则而流畅运行的现金流之下，也涌动着盗版软件与抄袭的暗潮。供职于媒体的移动互联网产业观察者李如一认为，中国为数众多的iOS设备用户都会使用“91手机助手”安装盗版软件。来自该软件运营方内部的消息称，“91手机助手”分发的盗版软件总下载数已达10亿次。此外，App Store中的应用也不都是充满创新精神的作品，跟风模仿《愤怒的小鸟》、《植物大战僵尸》、《水果忍者》等受欢迎游戏的作品，同样占据了应用商店陈列架中的多数位置。
安卓系统是谷歌公司开发的基于Linux平台的智能手机操作系统，它的重要特点是开源和免费，并被期望以此对抗相对封闭的iOS。安卓系统有多个层级的应用商店，除了谷歌设置的主力应用商店Android Market之外，用户与开发者还会使用手机厂商、移动运营商以及其他独立第三方设置的应用平台。
更多的分析师指出，安卓系统的免费特征让用户更不倾向于购买收费软件。尽管Android Market中有超过40%的软件收费，但其在2010年的收入仅为1.02亿美元，是苹果公司App Store同期收入的5.72%。另外，由于在许多安卓系统应用商店上发布程序不需经过事先审查，因此安卓系统应用商店中出现涉嫌侵犯知识产权、包含危险代码、包含色情暴力内容的软件概率都要更高。
“豌豆实验室”的产品“豌豆荚”是一个适用于安卓系统手机的管理软件，也是国内较有影响力的安卓系统应用下载平台。豌豆实验室联合创始人王俊煜向本报记者介绍，豌豆荚为用户提供的超过1000种安卓系统手机应用全部是免费软件。但这些免费软件并不是盗版软件，作者收入更多来自广告或用户的“程序内购买”行为。但记者了解到，“豌豆荚”也像其他同类手机管理软件一样，提供了安装本地电脑上应用文件的功能。这就意味着用户可以将网络下载的盗版程序由此装入自己的智能手机。
豌豆实验室正是创新工场支持的创业团队。创新工场投资经理张亮向本报记者直言：“我们没有想过特意去搭建一个更多让知识产权制度发挥效用的软件平台。”他认为，移动互联网能为用户提供的最大益处是“让信息自由流动”，而广告收入，已经是一个“重要而且不错”的收入来源。
移动设备应用今天碰到的问题，事实上也是电脑软件曾经碰到过的，但移动设备应用有了更加可控、方便、用户体验佳的购买渠道，也有了更加严密的反盗版技术手段——无论是iOS还是安卓系统，要安装盗版软件都需要经过被称为“越狱”的刷机步骤，而大多数用户并不具备自己动手“越狱”的技术能力。因此，移动设备应用的开发者能够享受到更加匹配其智力付出的收入。
中国科学院研究生院法律与知识产权系主任李顺德表示，版权与专利都可以保护软件知识产权。通过版权能够保护软件作品的表达，而通过专利能够保护软件的技术实质。
位于北京的一家安卓系统应用创业团队的负责人汪洋告诉本报记者，他们正在研发的一项基于地理位置的社交服务（LBS）软件，即将进入应用商店。不过在如何保护团队的创新成果上，他们遇到了一些困难。汪洋介绍，软件著作权保护容易被对手规避，而专利保护又需要投入专门的人力、财力对技术的可专利性进行评估，距离获得授权的时间也较长，而小型创业团队普遍不具备这样的能力。
记者了解到，与汪洋的团队类似的应用创业团队一般都会选择这样的一条作业链：提出设想、研发应用、迅速上线、升级扩展功能或开发新产品、寻找融资。因为由于资金有限，产品出炉时团队资金已经基本告罄，必须迅速上线售卖以收回成本，或寻找看好自己产品或团队的投资方。专利的申请与保护，成了小团队“力有不逮”的环节。
很多业内人士认为，国内的应用开发界存在一定的知识产权空白。张亮告诉记者，创新工场认为移动设备应用的未来就在“社交、移动、本地化、全球化”4种要素的交叉反应之中。在新产品百舸争流的应用商店里，谁能够“抢滩”具有代表性的基础技术，或许谁就能够在未来的竞争中从容应对变化，甚至成为“垄断”优先光顾的对象，而有效的知识产权保护手段则是创新的重要保障。（刘阳子）
